使用的数据来自于一篇发在NC的拟南芥的基因组文章，文章用了minimap/miniasm 进行组装，然后用racon和Pilon进行polish, 最后拼接处62 contigs 且N50 = 12.3 Mb。 wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ERR217/003/ERR2173373/ERR2173373.fastq.gzseqkit seqk

NECAT是肖传乐老师团队开发的一个针对Nanopore数据组装的软件，目前该工具尚未发表，除了https://github.com/xiaochuanle/NECAT有软件的介绍外，暂时没有中文资料介绍NECAT的使用。 太长不看的结论: Nanopore的组装推荐用下NECAT。组装之后是先用MEDAKA做一遍三代polish，然后用NextPolish默认参数做二代polish。 这篇将

Devin Drown和他在美国阿拉斯加大学费尔班克斯分校（University of Alaska Fairbanks）的团队一直在利用OxfordNanopore纳米孔技术带来的长读长测序的优势，致力于研究永久冻土的融化对土壤微生物群落造成的影响1。永久冻土是土壤、砾石和沙子的永久冻结层，位于地球表面或地表以下。 永久冻土指的是至少连续冻结两年的地区，而大多数的永久冻土已经冻结了数百甚至

使用Guppy进行basecalling时需要指定与芯片类型匹配的config文件。所有config文件均在Guppy软件的data文件夹下。如果已知所用芯片型号，则直接选择对应的config即可。若不知道（比如第三方测序的或者其他来源的），可以根据下机报告（一个***Run Report***.html文件）中的“Run configuration”部分查看： 可以看到这批数据用的flow

目录 一、前言  二、Tombo快速使用 1.安装 2.快速使用  3.比对结果解析 4.高阶应用 三、总结 一、前言 对于纳米孔测序常规用途，如基因组比对、SNV鉴别、宏基因组物种分析而言，用户一般使用碱基识别软件输出的fastq文件即可展开相应分析。但对于某些特殊用途，如甲基化鉴别、碱基识别算法开发，则需要深入分析纳米孔测序产生的fast5文件中原始电信号与碱基(