本文主要是介绍RNA-seq分析：Step10（Cytoscape制作蛋白质互作网络及寻找核心基因），希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！
目录
前记
一、Cytoscape3.7.1的下载
二、输入文件的预览
三、蛋白质互作网络的绘制
四、HUB基因的计算和查找
后记
前记
Cytoscape是一种常用的生物信息学软件，可以用于制作蛋白质互作网络并寻找核心基因。通过Cytoscape，我们可以将大量的蛋白质互作数据进行可视化展示，以便更好地理解蛋白质之间的相互作用关系。
在制作蛋白质互作网络时，我们需要先从公开数据库或者文献中获取蛋白质相互作用数据，将其输入Cytoscape软件，然后进行网络构建和可视化展示。最终，我们可以得到一个复杂的蛋白质互作网络图，其中节点表示蛋白质，边表示蛋白质之间的相互作用关系。
在寻找核心基因时，我们可以利用Cytoscape提供的网络分析工具，如度中心性、介数中心性、紧密度等指标，来计算网络中各节点的重要性，并筛选出具有重要作用的核心基因。这些核心基因可以是网络中连接度高的节点，也可以是介于不同模块之间的桥梁节点，或者是参与多种生物学过程的多功能蛋白质。
总之，Cytoscape可以帮助我们更加深入地了解蛋白质互作网络，并寻找其中的核心基因，为后续的功能研究和临床应用提供重要参考。
一、Cytoscape3.7.1的下载
Cytoscape是一个生物信息学工具，用于可视化和分析分子相互作用网络。它允许用户可视化和分析生物网路数据（包括基因调控网络、蛋白质相互作用网络和代谢通路），并提供了多种分析工具和插件，以帮助用户更好地理解和解释网络数据。Cytoscape 3.10.1是当前发行的最新版本，它支持多种操作系统（包括Windows、macOS、Linux），可以通过官方网站免费下载和使用。
官网网站：
Download Cytoscape
https://cytoscape.org/download.html选择3.7.1版本进行下载：
Release Cytoscape 3.7.1 final release · cytoscape/cytoscape · GitHubhttps://github.com/cytoscape/cytoscape/releases/3.7.1/
点击Cytoscape_3_7_1_windows_64bit.exe下载即可，然后安装，若没有Java环境，安装过程会自动提示并安装。
二、输入文件的预览
在Cytoscape软件中，输入的edges文件指的是连接节点的边缘信息，该文件包含了所有边缘的起始节点和终止节点的信息。而输入的nodes文件则包含了所有节点的相关信息，如节点ID、标签、颜色、大小等。通过同时导入edges和nodes文件，Cytoscape可以生成一个可视化的网络图，其中所有节点和边缘的属性信息可以根据需要进行调整和编辑。
edges文件：
nodes文件：
三、蛋白质互作网络的绘制
输入edges文件，并设置好fromnode、tonode、fromAltname和toAltname四个选项，如下所示：
通过设置style格式，对导入的网络文件进行适当美化，如下所示：
编辑之后的网络图如下所示：
四、HUB基因的计算和查找
CytoHubba是一款强大的Cytoscape插件，它提供了多种拓扑分析算法和节点过滤、排序选项，可以帮助用户在网络中识别出关键节点和模块。CytoHubba支持的拓扑分析算法包括最短路径、度中心性、介数中心性、紧密中心性、PageRank等，用户可以根据不同的需求选择合适的算法进行分析。节点过滤和排序选项提供了多种方式，例如可以按照节点度数、节点属性值等进行过滤和排序。此外，CytoHubba还支持多种可视化选项，用户可以将结果以不同的方式呈现，例如折线图、直方图、热力图等。CytoHubba在生物网络和社交网络等复杂网络的分析中具有广泛的应用价值，可以帮助用户更好地理解网络的拓扑结构和功能。总而言之，CytoHubba是一款功能强大、易于使用的网络分析工具，对于需要进行网络分析和可视化的研究人员具有重要的意义。
HUB基因的计算如下图所示，需要提前安装好CytoHubba插件，下图所示的是计算的排名前十的HUB基因，颜色的深浅代表排名的前后。
可视化的HUB基因如下所示：
后记
在植物中，筛选得到的HUB基因可以用于以下几个方面：
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生长和发育的调控：HUB基因在植物生长和发育过程中发挥着重要的调控作用。通过筛选得到的HUB基因，可以深入了解植物生长发育的调控机制，从而为植物育种和生产提供理论依据。
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抗逆性研究：植物生长过程中会受到各种环境因素的影响，例如高温、干旱、盐碱等。HUB基因作为植物逆境响应网络的重要组成部分，可以用来研究植物的抗逆性。
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农业生产应用：HUB基因作为植物生长和发育的关键节点，可以为农业生产提供相关的技术支持，例如利用HUB基因研发高产、耐逆的新品种。
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植物资源保护：许多植物资源面临着濒危和生存威胁，通过筛选得到的HUB基因，可以了解它们的物种保护策略和资源利用前景。
综上所述，植物中筛选得到的HUB基因可以用于植物生长发育的调控、抗逆性研究、农业生产应用和植物资源保护等方面。
2023.9.9
----CXGG
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