本文主要是介绍生信软件21 - 多线程拆分NCBI-SRA文件工具pfastq-dump，希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！
在使用NCBI 工具fastq-dump拆分SRA文件时，拆分速度慢，
fastq-dump拆分参数说明：
- –split-spot: 将双端测序分为两份，存放在同一个文件中
- –split-files: 将双端测序分为两份，存放在不同的文件，但是对于一方有而一方没有的reads直接丢弃
- –split-3 : 将双端测序分为两份，存放在不同的文件，但是对于一方有而一方没有的reads会单独放在一个文件夹里
pfastq-dump介绍
一个SRA格式的转录组数据大概在3G左右，使用hisat2比对可直接使用SRA作为输入文件；但如果使用BWA比对，则必须转换成fastq格式。pfastq-dump支持多线程拆分，相比于NCBI 工具fastq-dump效率大幅提升。
1. github下载
git clone https://github.com/inutano/pfastq-dumpcd pfastq-dump/chmod a+x pfastq-dump/pfastq-dump/bin/pfastq-dump -h
2. 单端数据拆分
对prefetch命令下载.sra数据进行拆分。
# SRA数据下载，提前安装好prefetch
nohup prefetch SRR3498212 &/pfastq-dump/bin/pfastq-dump -t 8 -O ./ ./SRR3498212.sra
# 结果文件：SRR3498212.fastq
3. 双端数据拆分
# 输出.gz fastq压缩文件
/pfastq-dump/bin/pfastq-dump \
--threads 8 --outdir ./ ./SRR349XXXX.sra \
--split-3 --gzip
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这篇关于生信软件21 - 多线程拆分NCBI-SRA文件工具pfastq-dump的文章就介绍到这儿，希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助！
