组装专题

初步组装的杂合基因组如何去冗余

redundans的目标是辅助杂合基因组的组装，输入文件可以是组装的contig，测序文库以及额外的参考基因组，最后用于搭建出scaffold级别的纯合基因组组装结果。包括如下几个步骤：从头组装: 它会调用Platanus、SSPACE3进行组装去冗余: 从最初组装中去除冗余的序列scaffolding: 利用双端测序将contig进行搭接gap closing: 即填补scaffold中的N

「BioNano系列」光学图谱混合组装应该怎么做？

评估从头组装结果 Bionano从头组装出光学图谱CMAP可以和参考序列的CMAP进行比对，通过Access上可视化检查参考基因组的组装质量，比较两者间的不同。这里所用的CMAP图谱来自于一篇发表在NC的拟南芥的基因组文章(原本计划用他们的bnx文件介绍从头组装，但是通讯作者根本不搭理我)，光学图谱的下载方式为: wget https://submit.ncbi.nlm.nih.gov

「BioNano系列」如何从头组装出一个Bionano图谱

官方并没有一个很详细的文档描述Bionano的从头组装流程的具体过程，所以我只能根据自己实际项目进行介绍: 流程 AutoNoise + SplitBNX: 这一步会将bnx和参考的cmap文件进行比对，估算出噪声系数，然后把bnx进行拆分便与后续比对Pairwse: 这一步进行molecules之间的两两比较，寻找overlap, 结果存放在"align"文件夹下Asse

「杂谈」Nanopore组装的拟南芥基因组效果如何？

使用的数据来自于一篇发在NC的拟南芥的基因组文章，文章用了minimap/miniasm 进行组装，然后用racon和Pilon进行polish, 最后拼接处62 contigs 且N50 = 12.3 Mb。 wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ERR217/003/ERR2173373/ERR2173373.fastq.gzseqkit seqk

NECAT: Nanopore数据的高效组装工具

NECAT是肖传乐老师团队开发的一个针对Nanopore数据组装的软件，目前该工具尚未发表，除了https://github.com/xiaochuanle/NECAT有软件的介绍外，暂时没有中文资料介绍NECAT的使用。太长不看的结论: Nanopore的组装推荐用下NECAT。组装之后是先用MEDAKA做一遍三代polish，然后用NextPolish默认参数做二代polish。这篇将

「基因组组装」三代组装多少深度比较合适

文章一句话总结，组装深度建议高于30X，N50建议高于11Kb，否则会出现严重的片段化。最初参加三代组装培训的时候，课程老师建议Canu使用所有数据进行组装会比较好。因为我组装基因组比较小，计算成本低，所以大部分的时候我都是用100X左右的数据进行纠错加组装。但是最近组装的时候，却发现如果我使用所有数据，最后结果会有更多的错误组装。这种错误可以用一个成语进行概括，“三人成虎

多线程（callable+futureTask）去组装数据,并批量入库

商城项目，收货地址会用到4级地址（省，市，县，镇），我们只用到了特定城市的。但是我想通过京东的接口把全部的数据拿出来。于是就有 ------多线程（callable+futureTask）去组装数据。 --------------------------- 先贴下controller的代码： package com.truelore.xunjia.wssc.test.c

X-Space系列教程三之组装自己的履带式机器人

跟着本篇教程，你将很容易的组装出一台属于你自己的履带WIFI智能机器人。一、功能详细接口图 WIFI模块、51主控板和驱动板接口详细说明图如下： WIFI模块详细接口图 51主控板详细接口图驱动板详细接口图二、组装步骤第一步：将摄像头接入WIFI模块的USB接口

【华为云618 ▪ Astro专场直播】企业效率提升秘籍——组装式交付让应用创新更敏捷！

6月1日，以“数智领航，云启未来”为主题的华为云618营销季正式启动。 “企业快成长直播间”作为华为云面向中小企业打造的品牌栏目，在活动期间同步带来了9场系列直播。让广大中小企业更详细的了解了华为云的产品方案和合作案例，可有效破解中小企业正面临的数字化转型难题，助其加快形成新质生产力，跑出数智“加速度”。其中，华为云低代码平台Astro为了有效提升企业运营效率，加强企业创新与市场竞争力，于6

[CQOI2012]组装 (非贪心,数学解法)

题目描述数轴上有m个生产车间可以生产零件。一共有n种零件，编号为1~n。第i个车间的坐标为xi，生产第pi种零件（1<=pi<=n）。你需要在数轴上的某个位置修建一个组装车间，把这些零件组装起来。为了节约运输成本，你需要最小化cost(1)+cost(2)+…+cost(n)，其中cost(x)表示生产第x种零件的车间中，到组装车间距离的平方的最小值。输入输入第一行为两个整

山地自行车系统的组成部分及论如何自己组装一台山地车

自行组装当你喜欢上山地车后，当你不断和现有器材磨合后，心中总会时不时冒出一个想法：按照自己的意愿，DIY一台山地车，在有限的预算下搞一台完美的跑山机器。此文仅以献给那些热爱山地车与想要自己组装山地车的朋友。山地车系统构成一、车身 1. 车架车架是一台自行车的核心部分，确定车架型号后，才能进行后续配件的选购。因为后续的配件大都会安装到车架上，涉及到的相关尺寸需要明确

东莞酷得智能组装机械狗电子玩具方案

这款机械狗玩具电子方案结合了现代电子技术和人工智能元素，旨在为用户提供一个高科技、互动性强的娱乐体验。通过不断的软件更新和硬件迭代，机械狗的功能将持续扩展。一、功能特点： 1、自动巡游：机械狗能够自主在房间内巡游，避开障碍物。 2、互动响应：通过触摸或声音可以触发机械狗的不同反应，如摇尾、叫声、做出各种动作等。 3、编程控制：用户可以通过专用APP或配套软件编程机械狗的行为模式。

Ansys Mechanical｜组装 External Mechanical Model

Assembling Finite Element Models 上文中介绍了如何导入外部模型并将其组合到单个模型中的示例。如果要将外部模型与Workbench环境中已有的一个或多个模型组合在一起，该如何操作？本文将介绍这个工作流程。 Ansys Mechanical支持Mechanical Model和External Model的组合来组装完整的有限元模型。 Mech

采用全自动贴片机来组装和满足回流焊工艺，列产品小，效率高，低输出纹波—— TPVT-W5系列

TPVT-W5系列是一款标准的表面贴装电源模块，完全实现采用全自动贴片机来组装和满足回流焊工艺，大大提高产能和降低人工费用。此系列产品小，效率高，低输出纹波及提供3000V以上的直流电压隔离，SMD封装。

【SM2证书】利用BC的X509v3CertificateBuilder组装X509国密证书

SM2、SM4加解密 SM2 SM3 签名验签代码部分开源在gitee&github https://github.com/xiaoshuaishuai319/algorithmNation 证书文件链接: https://pan.baidu.com/s/1ijHNnMQJj7jzW-jXEVd6Gg 密码: vfva 所需jar包 <!-- https://mvnrepo

卡码网笔试题 | 114 小欧的平均数、115 组装手机、116 小欧的卡牌

114 小欧的平均数这题审题要仔细一些，注意题目的真正意思其实是要我们确定三个数的奇偶性，当其中两个分别为一个奇数一个偶数时，我们可以调整第三个数，之后切换到可以匹配的状态下再次调整刚才那两个数中的一个。而不是找到加起来为偶数的两个数，将剩余一个数调整到和平均数一样的大小。所以其实统计三个数奇偶性就行了。如果都是奇数或者都是偶数刚好满足条件，不用调整。否则一奇数两偶数，或者一偶数两奇数，都

Java8 的stream流式编程分组、排序组装vo减少数据库的多表关系查询情况

使用Java8 的stream编程分组、排序组装vo；减少数据库的多表关系查询情况(超过3张表的关联查询直接忽略，) 文档: https://essp-test.lhhspay.com.cn/MAS-OPENAPI-SERVICE/swagger-ui.html?urls.primaryName=v2#/%E9%97%A8%E5%BA%97%E5%B9%B3%E5%8F%B0%E7%B1%BB%

2014深圳杯B题--基因组组装之分析总结

前几天去深圳参加了深圳杯数学建模夏令营，跟其他高校的同学交流了一下（B题），收获颇多，对题目及背景的理解也加深了不少。整理如下（原题在【2014年深圳杯数学建模夏令营题目】可以下载）解题关键： 1，正确理解测序过程。这个要求详细阅读Hiseq2000（题目指定的测序仪）的测序策略。通过这个测序策略，可以得知： read1和read2来自同一条DNA双链的不同单链，是等价的，没

javascript 练习写一个简单另类录入电脑组装报价表可打印

数据格式（1代表cpu、2代表主板、3代表内存、。。。） 1@i3 12100 @630 2@H610 @480 3@DDR4 3200 16G @220 4@500G M.2 @299 5@300W电源 @150 6@小机箱 @85 7@GT 730G 4G @350 8@WD 2T @399 9@飞利浦 24Led @580 主代码 Html + JS <!DOCTYP

Python实例教程——用面向对象思想组装电脑

Python学习面向对象，对着视频教程写了这段代码，通过大家容易理解的装电脑的例子，体会Python面向对象编程，后期会根据学习情况不断完善重构代码，和添加注释，大家可以先复制运行，不断调试、理解。 class CPU(object):"""CPU类"""def _init_(self, brand, core, interface):self.brand = brandself.core =

十款组装台式电脑可能会用到的主板，看下有没有适合你的

序言组装台式电脑，还是升级老化的电脑？以下是你需要了解的有关选择合适主板的所有信息。如果说内存、显卡和 CPU 是 PC 充满活力的四肢，是完成工作和启动你喜爱的游戏的部件，那么主板就是骨架和结缔组织，甚至是灵魂。可以肯定的是，其他组件在决定 PC 的整体性能和功能方面发挥着更大的作用。但是如果没有正确的主板，它们只是松动的部件。事实上，将 PC 主板比作有机体中的任何单个系统都低

组装机械狗电子玩具方案

这款机械狗玩具电子方案结合了现代电子技术和人工智能元素，旨在为用户提供一个高科技、互动性强的娱乐体验。通过不断的软件更新和硬件迭代，机械狗的功能将持续扩展。一、功能特点： 1、自动巡游：机械狗能够自主在房间内巡游，避开障碍物。 2、互动响应：通过触摸或声音可以触发机械狗的不同反应，如摇尾、叫声、做出各种动作等。 3、编程控制：用户可以通过专用APP或配套软件编程机械狗的行为模式。

纳米技术可使“超材料”自组装

美国科学家最新研制出的纳米制造技术可让自然界中并不存在的“超材料”自我组装而成。由此得到的“超材料”可具有非比寻常的光学特性，有助于制造能给蛋白质、病毒、DNA（脱氧核糖核酸）等摄像的“超级镜头”以及隐形斗篷；而另外一些则具有独特的磁性，有望在微电子学或数据存储等领域大展拳脚。　　迄今为止，科学家们只能利用电子束曝光系统（一种利用电子束在工件面上扫描直接产生图形的装置）等设备在薄层上制造出“超

Stream 流和 Lambda 组装复杂父子树形结构

在最近的开发中，遇到了两个类似的需求：都是基于 Stream 的父子树形结构操作，返回 List 集合对象给前端。于是在经过需求分析和探索实践后有了新的认识，现在拿出来和大家作分享交流。一般来说完成这样的需求大多数人会想到递归，但递归的方式弊端过于明显：方法多次自调用效率很低、数据量大容易导致堆栈溢出、随着树深度的增加其时间复杂度会呈指数级增加等。核心思路如下：数据库全量查询（几万条）

基因组de novo组装

分以下几个部分： CLR组装 HIFI组装 ONT组装二、三代数据矫正组装结果评估一、CLR组装下机数据：主要用那个bam文件软件：wtdbg2 第一步：bam转fasta文件参考：https://www.jianshu.com/p/03c7eb11102d # 进行基因组装wtdbg2 -t 40 -i test.subreads.bam.fasta -fo test -

入门级深度学习主机组装过程

一配置先附上电脑配置图，如下：利用公司的办公电脑对配置进行升级改造完成。除了显卡和电源，其他硬件都是公司电脑原装。二显卡有钱直接上 RTX4090，也不能复用公司的电脑，其他配置跟不上。进行深度学习，除了看算力外，还需要看显存大小，最用在 RTX3060 12G显存和RTX 4060 16G显存之间进行了选择。最后买了RTX 4060 16G显存的显卡。显卡大小：显卡有