复合物专题
西湖大学卢培龙团队突破：精确从头设计异手性蛋白复合物，开启镜像蛋白研究新篇章
在生物科学的浩瀚星空中，蛋白质作为生命活动的基本承担者，其设计与合成一直是科学家们不懈探索的领域。近日，西湖大学卢培龙团队携手清华大学刘磊团队，在《Cell Research》期刊上发表了一项革命性的研究成果——首次实现了异手性蛋白复合物的精确从头设计，这一突破不仅填补了蛋白质设计领域的一大空白，更为分子工具、疾病治疗及诊断技术的发展开辟了新的可能性。 异手性蛋白：生命科学的神秘探索 蛋白质是
韩国版AlphaFold？深度学习模型AlphaPPIMd：用于蛋白质-蛋白质复合物构象集合探索
在生命的舞台上，蛋白质扮演着不可或缺的角色。它们是生物体中最为活跃的分子，参与细胞的构建、修复、能量转换、信号传递以及无数关键的生物学功能。同时，蛋白质的结构与其功能密切相关，而它们的功能又通过与蛋白质、多肽、核苷酸以及各种小分子的复杂相互作用来实现。这种蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 是细胞内许多生物过程的核心，从细胞信号传导到免疫反应，再到细胞周期的调控，无不涉及 PPI。 然而，人们目
Gromacs模拟一：配体-双链蛋白质复合物体系准备
1、蛋白质的准备： 在RCSB网站下载想要的蛋白晶体（教程里是3htb），用notepad等编辑器或是分子可视化软件除去里面的非蛋白分子或离子。 这里采用的是一个经过分子对接后的蛋白质pdb和配体小分子的pdb。 教程里提到的配体是2-丙基苯酚（JZ4），是一个非肽类分子，同时存在于3htb蛋白里。可以用notepad给他抽出为一个单独的pdb。如果是一个短肽类分子，可以利用gromacs自
【读文献】DynamicBind生成式模型预测蛋白配体复合物
published at nature communication (2024.01.24) code link paper link 摘要 尽管在预测静态蛋白质结构方面取得了重大进展，但蛋白质的内在动态性，受到配体调节，对于理解蛋白质功能和促进药物发现至关重要。 传统的对接方法，常用于研究蛋白质-配体相互作用，通常将蛋白质视为刚性体。虽然分子动力学模拟可以提出适当的蛋白质构象，但由于生物学
齐岳|Au/Fe3O4/壳聚糖纳米复合物|聚(苯胺-吡咯)共聚物/Fe3O4网状纳米纤维复合物PAn-co-PPy/Fe3O4
齐岳|Au/Fe3O4/壳聚糖纳米复合物|聚(苯胺-吡咯)共聚物/Fe3O4网状纳米纤维复合物PAn-co-PPy/Fe3O4 无机材料修饰是依靠物理方法或范德华作用力将无机材料和四氧化三铁纳米粒子进行结合，在磁性纳米粒子表面进行包覆的一种方法。此法可有效改善四氧化三铁纳米粒子在不同介质中的分散性和稳定性，降低磁性纳米粒子的表面活性以避免其团聚。人们通常使用SiO2、ZnO、A12O3等金属氧化
二维铁酸锌纳米片异质结复合物/二维有机聚合物石墨相氮化碳复合物/二维非金属光催化复合物/二维碳化硅纤维布增强陶瓷基复合物
近日，报道了低对称性单层硫化铼（ReS2）晶体中由平行和准平行晶粒构成的重叠晶界的原子级结构解析和性质预测。研究者结合纳米颗粒在晶粒边界的选择性吸附和球差校正透射电子显微术，实现了在微米尺度大范围、快速显像晶界和在亚纳米尺度精确表征晶界原子结构的兼得；精确解析了具有不同取向、宽度、原子层间堆垛方式的多种重叠晶界，并结合密度泛函理论计算预测了低对称性硫化铼晶体中重叠晶界的电子能带结构将与晶界的取向密
PSP - 蛋白质复合物结构预测 模版配对(Template Pair) 逻辑的特征分析
欢迎关注我的CSDN：https://spike.blog.csdn.net/ 本文地址：https://spike.blog.csdn.net/article/details/134328447 在 蛋白质复合物结构预测 的过程中，模版 (Template) 起到重要作用，提供预测结果的关于三维结构的先验信息，在多链的情况，需要进行模版配对，即 Template Pair，核心函数是 t
麦胚凝集素修饰长春瑞滨阳离子脂质体WGA-VRB-Lips/GFP质粒DNA/阳离子脂质体复合物的制备
小编这里为大家分享了麦胚凝集素修饰长春瑞滨阳离子脂质体WGA-VRB-Lips/GFP质粒DNA/阳离子脂质体复合物的制备方法，一起来看！ 点击输入图片描述（最多30字） 麦胚凝集素修饰长春瑞滨阳离子脂质体WGA-VRB-Lips制备方法： 以磷脂,胆固醇为辅料,以3β-[N-(N′-N′-二甲基氨基乙烷)-氨基甲酰基]胆固醇盐酸盐(DC-Chol)为阳离子材料,以二硬脂酰磷脂酰乙醇胺
AlphaFold最新发布：生物大分子复合物结构预测问题将被解决？
谷歌DeepMind团队近几年在生命科学领域不断创造新的奇迹。该团队创造这些奇迹的最主要利器就是人工智能和深度学习。这可能要从他们在围棋领域的开创性工作说起。 2016年1月，DeepMind团队在国际著名杂志《Nature》发表了基于人工智能的围棋新算法（AlphaGO）。同年3月，AlphaGO 以4:1的比分，完美击败韩国职业九段棋手李世石，从此掀开了围棋历史的新篇章，彻底改变围棋训练和竞
氟尼辛肽核酸寡聚体复合物|规活性基团Alkyne炔烃，SH Thiol炔基修饰肽核酸
氟尼辛肽核酸寡聚体复合物|规活性基团Alkyne炔烃，SH Thiol炔基修饰肽核酸 PNA可以在任一方向形成双链，但逆平行取向优先，形成普通双链。对于反义和DNA探针类型应用，逆平行是优先构象。当逆平行取向时，PNA探针的N端相当于DNA的5’端。 ·PNA熔点不同于DNA。由于PNA链是不带电的，PNA-DNA的Tm值会比相应DNA-DNA的高。通常情况下，100mMNaCl中，每增加一个
PSP - 蛋白质-核酸复合物结构预测 RoseTTAFoldNA 算法框架 (Protein-RNA、Protein-DNA、RNA)
欢迎关注我的CSDN：https://spike.blog.csdn.net/ 本文地址：https://spike.blog.csdn.net/article/details/134208615 Paper: Accurate prediction of nucleic acid and protein-nucleic acid complexes using RoseTTAFoldNA
PSP - 蛋白质复合物 AlphaFold2 Multimer MSA Pairing 逻辑与优化
欢迎关注我的CSDN：https://spike.blog.csdn.net/ 本文地址：https://spike.blog.csdn.net/article/details/134144591 在蛋白质复合物结构预测中，当序列 (Sequence) 是异源多链时，无论是AB，还是AABB，都需要 MSA 配对，即 MSA Pairing。在 MSA 的搜索过程中，按照单链维度进行搜索
AlphaFold-multimer 复合物结构预测
AlphaFold-multimer 复合物结构预测 AlphaFold-multimer是DeepMind开发的AlphaFold项目的一个扩展，旨在预测蛋白质多聚体的三维结构。蛋白质多聚体是由多个蛋白质亚单位相互组装而成的结构，如酶、膜蛋白复合物和病毒颗粒。理解多聚体的结构对于揭示蛋白质的功能和相互作用非常重要。 写在前面：不建议在个人电脑上安装AlphaFold，因为对算力的存储的要求
β-环糊精修饰SiO2复合物|纳米二氧化硅改性聚氨酯复合物/聚多巴胺包裹的磁性介孔二氧化硅纳米/聚多巴胺修饰介孔二氧化硅SBA-15
氧化硅气凝胶是一种多孔，具有低密度、高孔隙率、高比表面积以及低热导率等独特性能。其制备过程主要涉及溶胶凝胶、老化和干燥过程。受制于其缓慢凝胶过程，目前氧化硅气凝胶难以形成连续纤维，从而限制了其应用。鉴于此，某研究团队探索在凝胶过程中实现纤维成型所需的关键因素，发展了气凝胶的反应纺丝方法，通过前驱体的结构设计以及纤维表面的后处理，得到了透明度以及亲疏水性均可调控的新型氧化硅气凝胶纤维，并验证了该方法