基因组专题
简化基因组的测序方法
RAD-Seq(restriction site-associated DNA sequencing)最开始指的是2008年发表在PLOS ONE上“Rapid SNP discovery and genetic mapping using sequenced RAD markers"提出的方法，目前该文章的引用已经达到1200+，现在指代的是一系列基于限制性内切酶的测序技术。同样在概念上被引申的
初步组装的杂合基因组如何去冗余
redundans的目标是辅助杂合基因组的组装，输入文件可以是组装的contig，测序文库以及额外的参考基因组，最后用于搭建出scaffold级别的纯合基因组组装结果。包括如下几个步骤： 从头组装: 它会调用Platanus、SSPACE3进行组装去冗余: 从最初组装中去除冗余的序列scaffolding: 利用双端测序将contig进行搭接gap closing: 即填补scaffold中的N
「杂谈」Nanopore组装的拟南芥基因组效果如何？
使用的数据来自于一篇发在NC的拟南芥的基因组文章，文章用了minimap/miniasm 进行组装，然后用racon和Pilon进行polish, 最后拼接处62 contigs 且N50 = 12.3 Mb。 wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ERR217/003/ERR2173373/ERR2173373.fastq.gzseqkit seqk
StringTie在注释基因组时的注意事项
在利用RNA-seq注释基因组时，有一个问题就是，我将不同组织来源的转录组数据和参考基因组比对之后，那下一步是1）先将这三个比对结果进行合并，然后用StringTie进行预测，还是2）用StringTie分别进行预测，然后用StringTie的merge模式进行合并？ 这个问题的提出，是我采取第二种方式时，发现合并后的基因数减少，觉得哪里不太对劲，于是用IGV检查了不同分析策略的结果， 结论如
「文献」杂合基因组的策略思路
「文献」杂合基因组的策略思路 文献出处: Sequencing a Juglans regia × J. microcarpa hybrid yields high-quality genome assemblies of parental specie 文章的亮点在于通过对一个F1子代进行三代测序，之后利用BioNano组装出两个亲本的光学图谱，最后根据光学图谱从F1中拆分出两套单倍型。
「基因组组装」三代组装多少深度比较合适
文章 一句话总结，组装深度建议高于30X，N50建议高于11Kb，否则会出现严重的片段化。 最初参加三代组装培训的时候，课程老师建议Canu使用所有数据进行组装会比较好。因为我组装基因组比较小，计算成本低，所以大部分的时候我都是用100X左右的数据进行纠错加组装。但是最近组装的时候，却发现如果我使用所有数据，最后结果会有更多的错误组装。这种错误可以用一个成语进行概括，“三人成虎
2024.06.23【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十七章 人类基因组 第四部分）【AI测试版】
第四部分：人类基因组的伦理、法律和社会问题（ELSI） 摘要： 本部分探讨了人类基因组计划所引发的伦理、法律和社会问题（ELSI），这些问题涉及基因信息的所有权、隐私权、基因歧视以及基因技术在社会中的运用等方面。 学习目标： 理解人类基因组计划实施过程中所引发的ELSI问题。掌握基因信息的伦理学考量，包括隐私保护和数据共享。学习基因技术在医疗、法律和社会层面的应用及其带来的挑战。 正文
2024.06.22【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十七章 人类基因组 第二部分）【AI测试版】
第二部分：人类基因组的主要结论与网络资源 摘要： 第二部分深入总结了人类基因组计划的关键发现，并介绍了用于探索人类基因组的网络资源。这些结论不仅为我们理解人类生物学提供了新的视角，而且揭示了人类基因组的复杂性和动态性。 学习目标： 掌握人类基因组计划的主要科学结论。熟悉人类基因组中基因的数量和复杂性。了解人类基因组中非编码区域的功能和重要性。学习如何利用网络资源进行人类基因组数据的检索和分
2024.06.20【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十六章 真核生物基因组 第三部分）【AI测试版】
了解到您的需求，现在我将为您撰写关于《生物信息学与功能基因组学》的第三部分读书笔记。 《生物信息学与功能基因组学》第十六章读书笔记（第三部分） 正文（续） 真核基因组的重复性DNA序列 真核基因组中的重复性DNA序列是其结构的重要组成部分。这些序列可以根据重复单元的大小和分布模式被分类为卫星DNA、微卫星DNA和矿物DNA等。它们在染色体的结构稳定性、基因表达调控以及物种进化中扮演着重要角
2024.06.18【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十五章 真菌基因组 第二部分）【AI测试版】
读书笔记：《生物信息学与功能基因组学》第十五章 - 第二部分 摘要 本部分深入探讨了真菌基因组的生物信息学分析，包括基因组测序策略、基因识别与功能注释，以及基因组复制对真菌进化的影响。此外，还讨论了功能基因组学方法在真菌研究中的应用。 目录 真菌基因组测序策略基因识别与功能注释基因组复制与真菌进化功能基因组学在真菌研究中的应用 正文 真菌基因组测序策略 描述了全基因组“鸟枪”法测序过
破布叶（Microcos paniculata）单倍型染色体级别基因组-文献精读22
Haplotype-resolved chromosomal-level genome assembly of Buzhaye (Microcos paniculata) 破布叶、布渣叶（Microcos paniculata）单倍型解析染色体级别基因组组装 摘要 布渣叶（Microcos paniculata）是一种传统上用作民间药物和制作草药茶的灌木。之前对该物种的研究主要集中在其化
2024.06.12【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十四章 细菌和古细菌基因组 第二部分）【AI测试版】
读书笔记：《生物信息学与功能基因组学》第十四章 - 第二部分 摘要 第二部分深入讨论了基于不同标准的细菌和古细菌的分类方法，包括形态学、基因组大小和排列、生活方式以及与人类疾病的关系。此外，还探讨了基于核糖体RNA序列的分类方法，并强调了生物信息学在这些分类过程中的应用。 目录 形态学标准的细菌分类基因组大小和排列的细菌分类生活方式与细菌分类与人类疾病相关的细菌分类基于核糖体RNA序列的分
2024.06.12【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十三章 病毒基因组 第四部分）【AI测试版】
读书笔记：《生物信息学与功能基因组学》第十三章 - 第四部分 摘要 本部分深入探讨了生物信息学在病毒基因组研究中的具体应用案例，包括对人类免疫缺陷病毒（HIV）和麻疹病毒的分析。讨论了生物信息学工具在理解病毒复制、致病机制、抗药性发展以及疫苗设计中的作用。同时，还介绍了网络上可用于病毒研究的资源和数据库。 目录 生物信息学在病毒研究中的应用案例人类免疫缺陷病毒（HIV）的生物信息学分析麻疹
如何快速从基因组中提取基因、转录本、蛋白、启动子、非编码序列？
有读者留言想要提取外显子，内含子，启动子，基因体，非编码区，编码区，TSS上游1500,TSS下游500的序列。下面我们就来示范如何提取这些序列。 NGS基础 - 参考基因组和基因注释文件提到了如何下载对应的基因组序列和基因注释文件。 假如我们已经拿到了基因组序列文件GRCh38.fa和基因注释文件GRCh38.gtf，也可从文后链接获取。 查看下文件内容和格式 基因组序列文件为FASTA
2024.06.11【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十三章 病毒基因组 第二部分）【AI测试版】
读书笔记：《生物信息学与功能基因组学》第十三章 - 第二部分 摘要 本部分深入探讨了病毒的生物分类学，特别是基于核酸组成的病毒分类方法。介绍了病毒基因组的多样性，包括基因组大小、形态和复制策略。此外，还讨论了生物信息学在病毒基因组研究中的应用，如序列分析、系统发育重建和疫苗设计。 目录 病毒的核酸组成与分类病毒基因组的多样性生物信息学在病毒基因组研究中的应用病毒基因组的生物信息学分析方法
文献解读-农业系列-第七期|《高粱驯化的基因组足迹和多种最终用途的育种选择》
关键词：高粱基因分析；基因组变异检测；全基因组重测序； 文献简介 标题（英文）：Genomic footprints of sorghum domestication and breeding selection for multiple end uses标题（中文）：高粱驯化的基因组足迹和多种最终用途的育种选择发表期刊：Molecular Plant作者单位：中国科学院植物研究所植物
2024.06.08【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十二章 全基因组和系统发育树 第四部分）【AI测试版】
读书笔记：《生物信息学与功能基因组学》第十二章 - 第四部分 目录 基因组测序的生物信息学工具 1.1 常用生物信息学软件介绍1.2 基因组数据的管理和分析 基因组序列的比较分析 2.1 基因组之间的相似性与差异性2.2 比较基因组学的应用 基因组学在医学和健康科学中的应用 3.1 疾病相关基因的发现3.2 个性化医疗与基因组学 未来展望与挑战 4.1 基因组学的未来发展方向4.2 技
2024.06.08【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十二章 全基因组和系统发育树 第三部分）【AI测试版】
读书笔记：《生物信息学与功能基因组学》第十二章 - 第三部分 目录 基因组测序的策略与方法 1.1 测序策略的分类1.2 全基因组鸟枪测序法（WGS）的详细过程1.3 分级鸟枪测序法的应用 基因组序列数据的处理 2.1 原始数据的收集与质量评估2.2 序列装配的技术和挑战2.3 高通量基因组（HTG）序列的分类 基因组注解的流程与挑战 3.1 基因组注解的定义与重要性3.2 注释过程中的
2024.06.07【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十二章 全基因组和系统发育树 第一部分）【AI测试版】
读书笔记：《生物信息学与功能基因组学》第十二章 - 第一部分 摘要 本章作为《生物信息学与功能基因组学》一书的基因组分析篇的开篇，深入探讨了基因组的多样性、系统发生树的构建以及生物信息学在分类学中的应用。通过回顾系统分类学的历史，本章为理解生物进化和基因组测序的重要性奠定了基础。 目录 基因组分析的重要性系统发生树的概念生命之树的隐喻基因组测序的进展生物信息学的角色系统分类学的简史古细菌的
2024.06.07【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十二章 全基因组和系统发育树 第二部分）【AI测试版】
目录 地球上生命形式的生物发展史 系统发生树的分子序列基础 生物信息学在系统分类学中的角色 基因组测序计划 讨论 总结 摘要 第二部分详细讨论了地球生命形式的演化历程，系统发生树的分子基础，生物信息学在现代系统分类学中的应用，以及基因组测序计划的里程碑和方法。 正文 地球上生命形式的生物发展史 生命起源：最早的生命迹象出现在约40亿年前，最初生命形式可能是以RNA为中心的
易基因：人类精子发生过程中的全基因组DNA甲基化水平变化｜研究速递
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 精子发生和精子功能需要在生殖细胞系中正确建立DNA甲基化模式。 德国明斯特大学生殖与再生生物学研究所生殖医学中心Sandra Laurentino团队分析了人类精子发生（spermatogenesis）过程中的全基因组DNA甲基化变化以及在精子发生障碍时的变化。分析结果表明精子发生与甲基化重塑有关，包括初级精母细胞中DNA甲基化的
茶树三维基因组-文献精读19
The high-resolution three-dimensional (3D) chromatin map of the tea plant (Camellia sinensis) 茶树（Camellia sinensis）的高分辨率三维染色质图，还记得茶属的转录组分析嘛~ 比较转录组分析揭示了116种山茶属(Camellia)植物的深层系统发育和次生代谢物演化-文献精读分享1 茶树（
文献解读-遗传病-第四期|《来自印度的自称健康个体的 1029 个基因组揭示了流行且临床相关的心脏离子通道病变异》
关键词：应用遗传流行病学；群体测序；群体基因组；基因组变异检测； 文献简介 标题（英文）：1029 genomes of self-declared healthy individuals from India reveal prevalent and clinically relevant cardiac ion channelopathy variants标题（中文）：来自印度的自
新型冠状病毒的信息汇总与分析 (形态，分类，基因组，进化，变异，流行病学)
文章目录 介绍冠状病毒形态分类基因组参考基因组序列蛋白质三维结构基因组流行病学分析基因组变异及进化树 介绍 新型冠状病毒，是一类具有包膜、基因组为线性单股正链的RNA病毒，颗粒呈圆形或椭圆形，直径约60-140nm。 正链意味着病毒进入细胞后就可以直接指导蛋白质合成，而且通过RNA聚合酶生成负链来进行自我复制 此次武汉发现的冠状病毒是新发现的在人类中传播的病毒株
