基因组专题

neural-admixture：基于AI的快速基因组聚类

最近学习祖源分析方面的内容，发现已经有了GPU版的软件，可以几十倍地加快运算速度，推荐使用！小数据集的话家用显卡即可hold住，十分给力！ ADMIXTURE 是常用的群体遗传学分析工具，可以估计个体的祖先成分。使用neural-admixture 可以将一个月的连续计算时间缩短到几个小时。多头方法允许神经 ADMIXTURE 通过在单个集群中计算多个集群数来进一步加速在一次运行中计算多个集群数

茄科四个参考基因组-文献精读41

Multiple independent losses of the biosynthetic pathway for two tropane alkaloids in the Solanaceae family 茄科植物中两种莨菪烷生物合成途径的多次独立丧失摘要东莨菪碱和莨菪碱（HS）是两种具有重要药用价值的莨菪烷生物碱，它们存在于茄科家族中多个关系较远的谱系中。在本研究中，我们测

前胡基因组与伞形科香豆素的进化-文献精读42

The gradual establishment of complex coumarin biosynthetic pathway in Apiaceae 伞形科中复杂香豆素生物合成途径的逐步建立羌活基因组--文献精读-36 摘要：复杂香豆素（CCs）是伞形科植物中的特征性代谢产物，具有重要的药用价值。它们的重要功能可能是作为病原体防护剂并调节响应环境刺激。利用包括我们新近测序的前胡

贴梗海棠T2T基因组-文献精读40

A telomere-to-telomere reference genome provides genetic insight into the pentacyclic triterpenoid biosynthesis in Chaenomeles speciosa 端粒到端粒参考基因组为贴梗海棠中五环三萜生物合成提供了遗传学见解摘要贴梗海棠（Chaenomeles specio

颠茄和草本曼陀罗参考基因组（茄科）

茄科的代表性物种之二：颠茄和草本曼陀罗来源文献 Revealing evolution of tropane alkaloid biosynthesis by analyzing two genomes in the Solanaceae family 推荐惕佫酰假托品合酶的发现-文献精读28 参考链接 https://ngdc.cncb.ac.cn/gwh/Assembly/29

RAD-Seq(restriction site-associated DNA sequencing)最开始指的是2008年发表在PLOS ONE上“Rapid SNP discovery and genetic mapping using sequenced RAD markers"提出的方法，目前该文章的引用已经达到1200+，现在指代的是一系列基于限制性内切酶的测序技术。同样在概念上被引申的

初步组装的杂合基因组如何去冗余

redundans的目标是辅助杂合基因组的组装，输入文件可以是组装的contig，测序文库以及额外的参考基因组，最后用于搭建出scaffold级别的纯合基因组组装结果。包括如下几个步骤：从头组装: 它会调用Platanus、SSPACE3进行组装去冗余: 从最初组装中去除冗余的序列scaffolding: 利用双端测序将contig进行搭接gap closing: 即填补scaffold中的N

「杂谈」Nanopore组装的拟南芥基因组效果如何？

使用的数据来自于一篇发在NC的拟南芥的基因组文章，文章用了minimap/miniasm 进行组装，然后用racon和Pilon进行polish, 最后拼接处62 contigs 且N50 = 12.3 Mb。 wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ERR217/003/ERR2173373/ERR2173373.fastq.gzseqkit seqk

StringTie在注释基因组时的注意事项

在利用RNA-seq注释基因组时，有一个问题就是，我将不同组织来源的转录组数据和参考基因组比对之后，那下一步是1）先将这三个比对结果进行合并，然后用StringTie进行预测，还是2）用StringTie分别进行预测，然后用StringTie的merge模式进行合并？这个问题的提出，是我采取第二种方式时，发现合并后的基因数减少，觉得哪里不太对劲，于是用IGV检查了不同分析策略的结果，结论如

「文献」杂合基因组的策略思路

「文献」杂合基因组的策略思路文献出处: Sequencing a Juglans regia × J. microcarpa hybrid yields high-quality genome assemblies of parental specie 文章的亮点在于通过对一个F1子代进行三代测序，之后利用BioNano组装出两个亲本的光学图谱，最后根据光学图谱从F1中拆分出两套单倍型。

「基因组组装」三代组装多少深度比较合适

文章一句话总结，组装深度建议高于30X，N50建议高于11Kb，否则会出现严重的片段化。最初参加三代组装培训的时候，课程老师建议Canu使用所有数据进行组装会比较好。因为我组装基因组比较小，计算成本低，所以大部分的时候我都是用100X左右的数据进行纠错加组装。但是最近组装的时候，却发现如果我使用所有数据，最后结果会有更多的错误组装。这种错误可以用一个成语进行概括，“三人成虎

2024.06.23【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十七章人类基因组第四部分）【AI测试版】

第四部分：人类基因组的伦理、法律和社会问题（ELSI）摘要：本部分探讨了人类基因组计划所引发的伦理、法律和社会问题（ELSI），这些问题涉及基因信息的所有权、隐私权、基因歧视以及基因技术在社会中的运用等方面。学习目标：理解人类基因组计划实施过程中所引发的ELSI问题。掌握基因信息的伦理学考量，包括隐私保护和数据共享。学习基因技术在医疗、法律和社会层面的应用及其带来的挑战。正文

2024.06.22【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十七章人类基因组第二部分）【AI测试版】

第二部分：人类基因组的主要结论与网络资源摘要：第二部分深入总结了人类基因组计划的关键发现，并介绍了用于探索人类基因组的网络资源。这些结论不仅为我们理解人类生物学提供了新的视角，而且揭示了人类基因组的复杂性和动态性。学习目标：掌握人类基因组计划的主要科学结论。熟悉人类基因组中基因的数量和复杂性。了解人类基因组中非编码区域的功能和重要性。学习如何利用网络资源进行人类基因组数据的检索和分

2024.06.20【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十六章真核生物基因组第三部分）【AI测试版】

了解到您的需求，现在我将为您撰写关于《生物信息学与功能基因组学》的第三部分读书笔记。《生物信息学与功能基因组学》第十六章读书笔记（第三部分）正文（续）真核基因组的重复性DNA序列真核基因组中的重复性DNA序列是其结构的重要组成部分。这些序列可以根据重复单元的大小和分布模式被分类为卫星DNA、微卫星DNA和矿物DNA等。它们在染色体的结构稳定性、基因表达调控以及物种进化中扮演着重要角

2024.06.18【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十五章真菌基因组第二部分）【AI测试版】

读书笔记：《生物信息学与功能基因组学》第十五章 - 第二部分摘要本部分深入探讨了真菌基因组的生物信息学分析，包括基因组测序策略、基因识别与功能注释，以及基因组复制对真菌进化的影响。此外，还讨论了功能基因组学方法在真菌研究中的应用。目录真菌基因组测序策略基因识别与功能注释基因组复制与真菌进化功能基因组学在真菌研究中的应用正文真菌基因组测序策略描述了全基因组“鸟枪”法测序过

破布叶（Microcos paniculata）单倍型染色体级别基因组-文献精读22

Haplotype-resolved chromosomal-level genome assembly of Buzhaye (Microcos paniculata) 破布叶、布渣叶（Microcos paniculata）单倍型解析染色体级别基因组组装摘要布渣叶（Microcos paniculata）是一种传统上用作民间药物和制作草药茶的灌木。之前对该物种的研究主要集中在其化

2024.06.12【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十四章细菌和古细菌基因组第二部分）【AI测试版】

读书笔记：《生物信息学与功能基因组学》第十四章 - 第二部分摘要第二部分深入讨论了基于不同标准的细菌和古细菌的分类方法，包括形态学、基因组大小和排列、生活方式以及与人类疾病的关系。此外，还探讨了基于核糖体RNA序列的分类方法，并强调了生物信息学在这些分类过程中的应用。目录形态学标准的细菌分类基因组大小和排列的细菌分类生活方式与细菌分类与人类疾病相关的细菌分类基于核糖体RNA序列的分

2024.06.12【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十三章病毒基因组第四部分）【AI测试版】

读书笔记：《生物信息学与功能基因组学》第十三章 - 第四部分摘要本部分深入探讨了生物信息学在病毒基因组研究中的具体应用案例，包括对人类免疫缺陷病毒（HIV）和麻疹病毒的分析。讨论了生物信息学工具在理解病毒复制、致病机制、抗药性发展以及疫苗设计中的作用。同时，还介绍了网络上可用于病毒研究的资源和数据库。目录生物信息学在病毒研究中的应用案例人类免疫缺陷病毒（HIV）的生物信息学分析麻疹

如何快速从基因组中提取基因、转录本、蛋白、启动子、非编码序列？

有读者留言想要提取外显子，内含子，启动子，基因体，非编码区，编码区，TSS上游1500,TSS下游500的序列。下面我们就来示范如何提取这些序列。 NGS基础 - 参考基因组和基因注释文件提到了如何下载对应的基因组序列和基因注释文件。假如我们已经拿到了基因组序列文件GRCh38.fa和基因注释文件GRCh38.gtf，也可从文后链接获取。查看下文件内容和格式基因组序列文件为FASTA

2024.06.11【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十三章病毒基因组第二部分）【AI测试版】

读书笔记：《生物信息学与功能基因组学》第十三章 - 第二部分摘要本部分深入探讨了病毒的生物分类学，特别是基于核酸组成的病毒分类方法。介绍了病毒基因组的多样性，包括基因组大小、形态和复制策略。此外，还讨论了生物信息学在病毒基因组研究中的应用，如序列分析、系统发育重建和疫苗设计。目录病毒的核酸组成与分类病毒基因组的多样性生物信息学在病毒基因组研究中的应用病毒基因组的生物信息学分析方法

文献解读-农业系列-第七期|《高粱驯化的基因组足迹和多种最终用途的育种选择》

关键词：高粱基因分析；基因组变异检测；全基因组重测序；文献简介标题（英文）：Genomic footprints of sorghum domestication and breeding selection for multiple end uses标题（中文）：高粱驯化的基因组足迹和多种最终用途的育种选择发表期刊：Molecular Plant作者单位：中国科学院植物研究所植物

2024.06.08【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十二章全基因组和系统发育树第四部分）【AI测试版】

读书笔记：《生物信息学与功能基因组学》第十二章 - 第四部分目录基因组测序的生物信息学工具 1.1 常用生物信息学软件介绍1.2 基因组数据的管理和分析基因组序列的比较分析 2.1 基因组之间的相似性与差异性2.2 比较基因组学的应用基因组学在医学和健康科学中的应用 3.1 疾病相关基因的发现3.2 个性化医疗与基因组学未来展望与挑战 4.1 基因组学的未来发展方向4.2 技

2024.06.08【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十二章全基因组和系统发育树第三部分）【AI测试版】

读书笔记：《生物信息学与功能基因组学》第十二章 - 第三部分目录基因组测序的策略与方法 1.1 测序策略的分类1.2 全基因组鸟枪测序法（WGS）的详细过程1.3 分级鸟枪测序法的应用基因组序列数据的处理 2.1 原始数据的收集与质量评估2.2 序列装配的技术和挑战2.3 高通量基因组（HTG）序列的分类基因组注解的流程与挑战 3.1 基因组注解的定义与重要性3.2 注释过程中的

2024.06.07【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十二章全基因组和系统发育树第一部分）【AI测试版】

读书笔记：《生物信息学与功能基因组学》第十二章 - 第一部分摘要本章作为《生物信息学与功能基因组学》一书的基因组分析篇的开篇，深入探讨了基因组的多样性、系统发生树的构建以及生物信息学在分类学中的应用。通过回顾系统分类学的历史，本章为理解生物进化和基因组测序的重要性奠定了基础。目录基因组分析的重要性系统发生树的概念生命之树的隐喻基因组测序的进展生物信息学的角色系统分类学的简史古细菌的

2024.06.07【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十二章全基因组和系统发育树第二部分）【AI测试版】

目录地球上生命形式的生物发展史系统发生树的分子序列基础生物信息学在系统分类学中的角色基因组测序计划讨论总结摘要第二部分详细讨论了地球生命形式的演化历程，系统发生树的分子基础，生物信息学在现代系统分类学中的应用，以及基因组测序计划的里程碑和方法。正文地球上生命形式的生物发展史生命起源：最早的生命迹象出现在约40亿年前，最初生命形式可能是以RNA为中心的

易基因：人类精子发生过程中的全基因组DNA甲基化水平变化｜研究速递

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。精子发生和精子功能需要在生殖细胞系中正确建立DNA甲基化模式。德国明斯特大学生殖与再生生物学研究所生殖医学中心Sandra Laurentino团队分析了人类精子发生（spermatogenesis）过程中的全基因组DNA甲基化变化以及在精子发生障碍时的变化。分析结果表明精子发生与甲基化重塑有关，包括初级精母细胞中DNA甲基化的