LA 5052 Genome Evolution 题目大意: 给1~n的两个排列A,B,统计有多少个子集A,B均有,子集要满足是连续序列,且至少包含两个元素.(1<=n<=5000) 题目分析: 对于两个子集,要满足元素相同,且是连续序列,则长度要一致. 若确定某一个点i为在A序列中的右边界,那么A序列中每往左加入一个元素j,在B中也会对应有一个位置.显然此时能满足元素相同的要求. 那

人类基因组大约有3,000,000,000个碱基对其中50%-69%是重复序列，包括转座子（SINES、LINES、Long Terminal Repeats ）以及低复杂区域（比如 homopolymers 和 CAG重复）和假基因（大片段重复引起）。Self Chain 就是UCSC中查看大片段重复的工具。   描述 self chain 是染色体之间相似性的比较，相比如segdup，它

资源介绍：GTDB-Tk v2: memory friendly classification with the genome taxonomy database | Bioinformatics | Oxford Academic (oup.com) GTDB - Genome Taxonomy Database (ecogenomic.org) 大家自己看吧，不在解释了，直接上安装和配置，

Leng, Dongjin, et al. "A benchmark study of deep learning-based multi-omics data fusion methods for cancer." Genome biology 23.1 (2022): 1-32. 被引次数：34作者单位          红色高亮表示写论文中可以借鉴的地方 一、方法和数据集

Zielezinski, Andrzej, et al. "Benchmarking of alignment-free sequence comparison methods." Genome biology 20.1 (2019): 1-18. Benchmarking of alignment-free sequence comparison methods | Genome Biology

1. ncbi-genome-download 的下载和安装 ncbi-genome-download 是一个可以直接从NCBI上批量下载序列的软件，支持下载多种格式 利用 conda 对其直接安装 参考 #创建环境conda create -n ncbi_genome_download#激活环境conda activate ncbi_genome_download# 安装cond

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