综述 2019-Genome Biology：非比对方法的benchmark

本文主要是介绍综述 2019-Genome Biology：非比对方法的benchmark，希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！

Zielezinski, Andrzej, et al. "Benchmarking of alignment-free sequence comparison methods." Genome biology 20.1 (2019): 1-18. Benchmarking of alignment-free sequence comparison methods | Genome Biology | Full Text

• 被引次数：170；
• 研究背景：DNA 和氨基酸序列的比较分析在生物学研究中至关重要，特别是在分子生物学和基因组学中。它是分子进化分析、基因功能和调控区预测、序列组装、同源性搜索、分子结构预测、基因发现、蛋白质结构与功能关系分析的第一步和关键步骤。

一、项目地址

AF | HomeAFproject is a free service for objective performance benchmark of alignment-free sequence comparison tools.http://afproject.org/

项目服务流程：

二、24 个软件

包含了 74 种 AF 方法

三、5 种应用场景

1. 蛋白质序列分类 protein sequence classification
2. 基因树推断 gene tree inference
3. 调控元件检测 regulatory element detection
4. 基因组的系统发育推断 genome-based phylogenetic inference
5. 水平基因转移和重组事件下物种树的重建 reconstruction of species trees under horizontal gene transfer and recombination events

四、数据集

这篇关于综述 2019-Genome Biology：非比对方法的benchmark的文章就介绍到这儿，希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助！

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