library(grid)library(circlize)library(RColorBrewer)library(ComplexHeatmap)setwd("C:/Users/fordata/Downloads/Circos")# 创建颜色调色板coul <- colorRampPalette(brewer.pal(9, "Set3"))(12)# 读取基因组数据genome

这一节将为染色体加上个标签，方便处理染色体的信息，比如移动位置： <<include etc/colors_fonts_patterns.conf>><<include ideogram.conf>><<include ticks.conf>><image><<include etc/image.conf>></image>karyotype = data/karyotype/kary

染色体之间的间隔也可以控制，根据上一节文件，来配置主配置文件和spacing文件： <<include etc/colors_fonts_patterns.conf>><<include ideogram.conf>><<include ticks.conf>><image><<include etc/image.conf>></image>karyotype = data/karyo

现在根据上一篇对染色体的控制，这篇讲的是染色体自己内部的控制，主配置文件和breaks文件如下： <<include etc/colors_fonts_patterns.conf>><<include ideogram.conf>><<include ticks.conf>><image><<include etc/image.conf>></image>karyotype = dat

为染色体排序，博主认为这个不是很重要，要记那么多模式，还不累死啊！还不如老老实实地直接写全比较好，当然心有余力怎么着都行，主配置文件有变化： <<include etc/colors_fonts_patterns.conf>><<include ideogram.conf>><<include ticks.conf>><image><<include etc/image.conf>></i

过滤这一节主要讲的是有时候不需要全部的染色体都出现，那么就需要过滤一部分了，其他配置见第二节，主配置文件如下： <<include etc/colors_fonts_patterns.conf>><<include ideogram.conf>><<include ticks.conf>><image><<include etc/image.conf>></image>karyotype

Circos图其实是一个用途非常广泛的图形，可以用于表征基本上任何类型的数据，包括把我们常见的散点图、折线图和柱状图等都可以整合到Circos当中。特别是，Circos尤其适合用来描述生物信息学和基因组学的数据。 1.绘制Circos图 目前绘制Circos图的方法很多，perl语言、R语言等等都可以完成，今天分享的是TBtools的“AdvancedCircos”的可视化模式。TBtoo

虽然我是一个计算机出身的生信人，快三十的我还是明显感觉Coding能力大不如从前，逻辑思考力弱爆，但是实验还是要做，论文还是要写，好吧，可以借助一些现成软件，人家一个团队现成东西肯定比我做的好太多了。OK，原谅我的排版，感谢Latex拯救我这个审美不足的小白。 言归正传，先说TBtools，TBtools功能真心强大，可以说是为不想写代码的生物分析需求而生，具体强大的方法我也没有试验，因为目前主