本文主要是介绍TBtools 绘制Circos图小攻略，希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！
虽然我是一个计算机出身的生信人，快三十的我还是明显感觉Coding能力大不如从前，逻辑思考力弱爆，但是实验还是要做，论文还是要写，好吧，可以借助一些现成软件，人家一个团队现成东西肯定比我做的好太多了。OK，原谅我的排版，感谢Latex拯救我这个审美不足的小白。
言归正传，先说TBtools，TBtools功能真心强大，可以说是为不想写代码的生物分析需求而生，具体强大的方法我也没有试验，因为目前主要是在做RNAseq分析和病历文本数据处理，习惯用shell或简单在python或R写个脚本，所以具体功能请自行百度，我用TBtools主要原因就是我家老板，看上了一个大牛发表论文里的Circos图，做的无比美观且玄幻，非得让我也画一个给他。。。恩，领导一句话，小兵跑断腿，其实Circos网站有一个在线的软件，还蛮好用具体教程可以参考大牛的笔记。https://www.jianshu.com/p/ddd09650da7d 我因为数据和需求更复杂些，所以千挑万选，最后放弃了熟悉的R包（据说R画的很丑，可能水平问题吧），选择了TBtools。Again，我只用TBtools画CIRCOS图，其他功能，我也希望之后可以进一步开拓。
安装步骤不多说，大牛讲的比我好，成熟的软件就是优秀，兼顾各种操作系统，可以从这里下载：https://github.com/CJ-Chen/TBtools
说起我的CIRCOS图，恩，主要作用就是想构建一个染色体圆环，把我找到的差异表达基因按照染色体位置展示在圆环上，然后根据gene fusion，绘制内部基因之间的关系，具体草图如下：
因为很多试验还在做，具体的gene fusion还不明确，基因关系还需进一步细化，颜色调整可以根据需求（后面会讲到，又难倒了我这种配色无敌差，衣服全靠老公挑的审美白痴了）绘图步骤就开始咯：
写在前面：我因为绘图需求比较简单，就是用了三个.txt（记住，一定是.txt，即使数据存在excel中，也千万复制出来丢进txt中，而且txt文件必须要空格或tab一致对齐，我开始就是吃了格式的大亏），所以，非常建议excel处理数据，复制到txt中再上传绘图。相信我，可以事半功倍。
step1: TBtools绘制Circos主界面
我用的TBtools版本V0.6，选择Graphics->Advanced Circos
界面详解如下：
1:染色体骨架文件，就是画上面草稿图最重要的圈的形成，数据格式要求
有个简便的方法可以获得（我就是这么干的），因为做的是拟南芥基因组，可以直接下载拟南芥基因组数据
利用TBtools的fasta Stater功能，直接提取所需的数据要求
用excel整理染色体数据，复制到.txt即可
2、基因在染色体上展示（就是草稿图中那些基因）
数据格式要求：
第一列：染色体名称，
第二列：基因名称
第三列：基因在染色体起始位置，第四列：终止位置
第五列（可选）：颜色标记（我因为实在对配色不擅长，最后这一列直接删了）
我那时候把我找到的基因（还好不多），一个一个搜出来，把数据从基因组.gtf文件中导入到excel整理的
3、基因之间关系展示
数据格式要求如下：
第一列：关联基因1所在染色体，
第二列：基因起始位置，第三列：基因终止位置
第四列：关联基因2所在染色体
第五列：基因起始位置，第六列：基因终止位置
第七列（可选）：颜色
然后数据导入Advanced Circosj，点击“show”就可以得到Circos图咯
有点丑对不对，可以点击黄色“show control dialog”进行图片整理
然后，根据自己的需求，随意调整下refresh一下，就OK咯，还是很方便的，虽然老板不太满意，但总算可以交差，就先凑合吧。
之前参考过大牛写的文章，可以更进一步细化图片http://www.360doc.com/content/19/0403/22/52645714_826278061.shtml
这篇关于TBtools 绘制Circos图小攻略的文章就介绍到这儿，希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助！
