本文主要是介绍Circos图绘制，希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！
Circos图其实是一个用途非常广泛的图形，可以用于表征基本上任何类型的数据，包括把我们常见的散点图、折线图和柱状图等都可以整合到Circos当中。特别是，Circos尤其适合用来描述生物信息学和基因组学的数据。
1.绘制Circos图
目前绘制Circos图的方法很多，perl语言、R语言等等都可以完成，今天分享的是TBtools的“AdvancedCircos”的可视化模式。TBtools中的“AdvancedCircos”功能支持可视化多组连续或离散数据。
利用Tbtools绘制Circos图
Circos图通常包含4类数据：
1.第一类是染色体骨架：它是Circos图的主干，是必需的输入数据。默认输入数据由两个必填列，一个是染色体ID，另一个是染色体长度信息。用户也可以在第三列增加可选RGB代码，以指定染色体骨架的颜色。
2.第二类是特定染色体区域的特征数据：可用于标记特定区间，如基因或QTL（数量性状基因座）位置。相应的输入是一个以制表符分隔的文件，其中包含四个必填列和一个可选列：染色体ID、区域标记标签、起始坐标、结束坐标和RGB代码（可选）。
第一列染色体编号，第二列gene编号，第三列染色体起始位置，第四列染色体终止位置。最终得到下图文件。
3.第三类显示染色体区域的关联信息：通常用于显示同源区域或染色体相互作用关系等。这类数据通常放在Circos图的最内层---一般是共线性分析----MCScanX。
输入文件由六个必填列和一个可选列组成，以制表符分隔，分别是染色体ID、起始坐标、终止坐标、染色体ID、起始坐标、终止坐标和RGB代码（可选）。
4.第四类是染色体区域统计数据：可以以各种方式显示，包括连续数据（以热图、条形图、折线图或点图显示）和离散数据（以三角形、箭头或平铺/矩形显示）。
对于连续数据，输入文件的格式为“染色体ID、起始坐标、结束坐标和以数字标示的值”（图1B-E）；对于离散数据，输入文件格式为“染色体ID、起始坐标、结束坐标和RGB代码”
对于箭头符号，当起始坐标大于结束坐标时，其方向相反。通过调整绘图跨度，可以堆叠Circos绘图上的不同轨迹，以实现各种可视化类型组合，如图1I所示。矩形/平铺轨迹用于突出显示染色体部分区域。
2.基因组数据可视化
在构建好基因组骨架之后，我们可以在这个基础上添加轨道来展示基因组的一些特征：
如GC含量、未知碱基、基因密度、测序数据覆盖度分布、基因组变异数据、重复序列以及LRT等。
这篇关于Circos图绘制的文章就介绍到这儿，希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助！
