基于R的ggplot2包画KEGG富集通路气泡图_KEGGdot

2024-04-29 01:58

本文主要是介绍基于R的ggplot2包画KEGG富集通路气泡图_KEGGdot,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

背景**

基于公司已给出的结果上做出调整(公司只给出了top10),画KEGG富集通路的气泡图,初始文件如下图

公司出的excel结果文件

代码演示

> getwd() #显示工作目录
> setwd() #如果上述显示不是想要的路径,可以新建一个文件夹然后设置成工作目录,方便一些原始文件以及结果图片的存放
> install.packages("ggplot2",destdir="D:/RData/R-win-4.0.2/R-4.0.2/R-packages",lib="D:/RData/R-win-4.0.2/R-4.0.2/R-packages") #安装ggplot2包并设置工作路径,已安装的话忽略这步
> x <- read.csv("RA_25vsRA_0.csv") #导入刚刚存在设置工作目录中的初始结果文件,格式如果是其他可以自行转换成csv格式,或者txt用read.table(),xlsx用read.xlsx()GeneRatio  BgRatio       pvalue        padj
1     50/964 164/6826 0.0000000388 0.000007160
2     44/964 137/6826 0.0000000473 0.000007160
3     37/964 119/6826 0.0000013600 0.000137378
4     41/964 143/6826 0.0000038100 0.000288781
5     28/964  87/6826 0.0000126000 0.000766196
6     35/964 123/6826 0.0000232000 0.001031538
7     44/964 169/6826 0.0000257000 0.001031538
> library(ggplot2) #加载ggplot2
> y <- ggplot(x, aes(x=padj, y=Description,  size=Count, color=padj)) + geom_point()  + scale_colour_gradient(low="green",high="red") + labs(color=expression(padj),size="Gene number", x="GeneRatio",y="Pathway name",title="KEGG Pathway enrichment")
#确定x轴参数,y轴参数,圆圈大小根据基因数改变,色卡的深浅依据padj+自定义色卡变换颜色+设置色卡名称+设置圆圈名称+x轴名称+y轴名称+图标题名称
> y #显示气泡图,Rstudio会弹出一个新的对话框显示图片,图片可右键存为位图/图元文件等
> ggsave("RA_25vsRA_0_KEGGdot.png",width = 8,height = 8) #保存到目录下为png格式,大小据需调整

效果图

上述代码的最终呈现效果

可直接右键保存成位图(ps编辑即可),矢量图可以方便的转换成位图,但位图转换成矢量图比较麻烦

这篇关于基于R的ggplot2包画KEGG富集通路气泡图_KEGGdot的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/944830

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