《R语言与农业数据统计分析及建模》学习——聚类分析

2024-04-27 06:44

本文主要是介绍《R语言与农业数据统计分析及建模》学习——聚类分析,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

        聚类分析时一种分类技术。与回归分析、判别分析被一起成为多元分析的三大方法。根据分类的方法可将聚类分析分为:层次聚类、快速聚类等。

1、层次聚类

        (1)定义每个观测值(行或单元)为一类

        (2)计算每类和其他各类的距离

        (3)把距离最短的两类合并成一类,这样类的个数就减少一个

        (4)重复步骤(2)(3),知道包含所有观测值的类型合并成单个类为止。

2、快速聚类

        (1)选择K个中心点(随机选择K行)

        (2)把每个数据点分配到离它最近的中性点

        (3)重新计算每类中的点到该类中心点距离的平均值

        (4)分配每个数据到它最近的中心点

        (5)重复步骤(3)(4)直到所有观测值不再被分配或达到最大迭代次数(R默认10次)

3、R语言实现

        以flexclust包中的nutrient数据集为例,进行聚类分析。Nutrient数据集内容是27个不同种类的肉的5个成分含量。

(1)载入数据集

# 安装flexclust包
install.packages("flexclust")
# 载入flexclust包
library(flexclust)
# 载入nutrient数据集
data(nutrient)

(2)数据预处理 

        数据标准化:最常用的方法是将每个变量标准化为均值为0、标准差为1的变量,使用scale()函数。

# 展示行名称
row.names(nutrient)
# 将行名改为小写字母,保证命名的一致性
row.names(nutrient)<-tolower(row.names(nutrient))
# 查看数据
head(nutrient)
# 由于不同变量的变化范围不同,量纲不同,标准化数据有利于均衡各变量的影响
nutrient_scaled<-scale(nutrient)
head(nutrient_scaled)

(3)层次聚类

        dist()函数能够用来计算数据框所有行之间的距离

        层次聚类方法可以用hclust()函数来实现:hclust(d,method=),d为dist()函数产生的距离。

# 计算矩阵或数据框中所有行之间的距离,默认欧几里得距离
d<-dist(nutrient_scaled)
# 层次聚类
fit_average<-hclust(d,method="average")
# 可视化
plot(fit_average,hang=-1,main="Average Linkage Clustering")

(4)快速聚类

        快速聚类法,又称为K均值(K-means)法。

        使用kmeans()函数来实现快速聚类:kmeans(d,centers),d为dist()产生的距离矩阵,centers是要提取的聚类数据。

library(factoextra)
# 计算举证距离
d<-dist(nutrient_scaled)
# 以分类为3进行聚类
k_means<-kmeans(d,3)
# 可视化
fviz_cluster(k_means,nutrient_scaled)

这篇关于《R语言与农业数据统计分析及建模》学习——聚类分析的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/939775

相关文章

Java利用JSONPath操作JSON数据的技术指南

《Java利用JSONPath操作JSON数据的技术指南》JSONPath是一种强大的工具,用于查询和操作JSON数据,类似于SQL的语法,它为处理复杂的JSON数据结构提供了简单且高效... 目录1、简述2、什么是 jsONPath?3、Java 示例3.1 基本查询3.2 过滤查询3.3 递归搜索3.4

MySQL大表数据的分区与分库分表的实现

《MySQL大表数据的分区与分库分表的实现》数据库的分区和分库分表是两种常用的技术方案,本文主要介绍了MySQL大表数据的分区与分库分表的实现,文中通过示例代码介绍的非常详细,对大家的学习或者工作具有... 目录1. mysql大表数据的分区1.1 什么是分区?1.2 分区的类型1.3 分区的优点1.4 分

Mysql删除几亿条数据表中的部分数据的方法实现

《Mysql删除几亿条数据表中的部分数据的方法实现》在MySQL中删除一个大表中的数据时,需要特别注意操作的性能和对系统的影响,本文主要介绍了Mysql删除几亿条数据表中的部分数据的方法实现,具有一定... 目录1、需求2、方案1. 使用 DELETE 语句分批删除2. 使用 INPLACE ALTER T

Python Dash框架在数据可视化仪表板中的应用与实践记录

《PythonDash框架在数据可视化仪表板中的应用与实践记录》Python的PlotlyDash库提供了一种简便且强大的方式来构建和展示互动式数据仪表板,本篇文章将深入探讨如何使用Dash设计一... 目录python Dash框架在数据可视化仪表板中的应用与实践1. 什么是Plotly Dash?1.1

Redis 中的热点键和数据倾斜示例详解

《Redis中的热点键和数据倾斜示例详解》热点键是指在Redis中被频繁访问的特定键,这些键由于其高访问频率,可能导致Redis服务器的性能问题,尤其是在高并发场景下,本文给大家介绍Redis中的热... 目录Redis 中的热点键和数据倾斜热点键(Hot Key)定义特点应对策略示例数据倾斜(Data S

Python实现将MySQL中所有表的数据都导出为CSV文件并压缩

《Python实现将MySQL中所有表的数据都导出为CSV文件并压缩》这篇文章主要为大家详细介绍了如何使用Python将MySQL数据库中所有表的数据都导出为CSV文件到一个目录,并压缩为zip文件到... python将mysql数据库中所有表的数据都导出为CSV文件到一个目录,并压缩为zip文件到另一个

C语言中的数据类型强制转换

《C语言中的数据类型强制转换》:本文主要介绍C语言中的数据类型强制转换方式,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助,如有错误或未考虑完全的地方,望不吝赐教... 目录C语言数据类型强制转换自动转换强制转换类型总结C语言数据类型强制转换强制类型转换:是通过类型转换运算来实现的,主要的数据类型转换分为自动转换

利用Go语言开发文件操作工具轻松处理所有文件

《利用Go语言开发文件操作工具轻松处理所有文件》在后端开发中,文件操作是一个非常常见但又容易出错的场景,本文小编要向大家介绍一个强大的Go语言文件操作工具库,它能帮你轻松处理各种文件操作场景... 目录为什么需要这个工具?核心功能详解1. 文件/目录存javascript在性检查2. 批量创建目录3. 文件

C语言实现两个变量值交换的三种方式

《C语言实现两个变量值交换的三种方式》两个变量值的交换是编程中最常见的问题之一,以下将介绍三种变量的交换方式,其中第一种方式是最常用也是最实用的,后两种方式一般只在特殊限制下使用,需要的朋友可以参考下... 目录1.使用临时变量(推荐)2.相加和相减的方式(值较大时可能丢失数据)3.按位异或运算1.使用临时

使用C语言实现交换整数的奇数位和偶数位

《使用C语言实现交换整数的奇数位和偶数位》在C语言中,要交换一个整数的二进制位中的奇数位和偶数位,重点需要理解位操作,当我们谈论二进制位的奇数位和偶数位时,我们是指从右到左数的位置,本文给大家介绍了使... 目录一、问题描述二、解决思路三、函数实现四、宏实现五、总结一、问题描述使用C语言代码实现:将一个整