生物信息学入门 GEO芯片数据差异表达分析时是否需要log2以及标准化的问题

本文主要是介绍生物信息学入门 GEO芯片数据差异表达分析时是否需要log2以及标准化的问题,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

GEO中的Series Matrix File(s)通常是经过了标准化和对数转换的数据。但不全是。在实际应用的时候需要根据情况判断一下。对于芯片数据,可能作者将.cel的文件处理成未标准化的数据直接上传。一般来说,在判断counts是否需要重新标准化以及是否需要log2时,可以根据数值大小粗略估计。

如果表达丰度的数值在50以内,通常是经过log2转化的。如果数字在几百几千,则是未经转化的。因为2的几十次方已经非常巨大,如果2的几百次方,则不符合实际情况。

对于是否需要标准化的问题,可以通过boxplot函数观察一下样本表达丰度值的分布是否整齐进行判断。

在差异表达分析教程给出的代码中已经包含了boxplot函数。

详细请见:https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/83541443

数据需要经过log2转换的原因在:https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/88542805

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