log2专题

生物信息学入门 GEO芯片数据差异表达分析时是否需要log2以及标准化的问题

GEO中的Series Matrix File(s)通常是经过了标准化和对数转换的数据。但不全是。在实际应用的时候需要根据情况判断一下。对于芯片数据,可能作者将.cel的文件处理成未标准化的数据直接上传。一般来说,在判断counts是否需要重新标准化以及是否需要log2时,可以根据数值大小粗略估计。 如果表达丰度的数值在50以内,通常是经过log2转化的。如果数字在几百几千,则是未经转化的。因为

生物信息学入门 GEO芯片数据差异表达分析时需要log2处理的原因

首先借用一张图,通常使用limma处理时,需要经过log2后的矩阵作为表达矩阵输入。根据log2FC的定义,这个数字表示变化倍数经过log2后的一个值,比如log2FC=1,则变化为2倍;log2FC=2,则变化为4倍。这是常用的一种表述方法。 在使用limma函数计算时,如果输入的矩阵没有经过log2处理,则会把FC当成log2FC输入,这或许是因为limma默认输入的是log2后的表达式

C语言实现log2 X函数

问题:C语言实现log2 X函数,输入一个正整数X,计算其函数值 代码 #include<stdio.h>int main(){int x, t;int ret = 0;scanf("%d", &x);t = x;while ( x > 1){x /= 2;ret ++;}printf("log2 %d的结果是%d", t, ret);return 0;} 运行结果