生物信息学入门 GEO芯片数据差异表达分析时需要log2处理的原因

本文主要是介绍生物信息学入门 GEO芯片数据差异表达分析时需要log2处理的原因,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

首先借用一张图,通常使用limma处理时,需要经过log2后的矩阵作为表达矩阵输入。根据log2FC的定义,这个数字表示变化倍数经过log2后的一个值,比如log2FC=1,则变化为2倍;log2FC=2,则变化为4倍。这是常用的一种表述方法。

在使用limma函数计算时,如果输入的矩阵没有经过log2处理,则会把FC当成log2FC输入,这或许是因为limma默认输入的是log2后的表达式。这里有必要提到log的一个运算,即,

可见对于已经log2后的数据,计算log2FC = log2(A/B)只需要直接使用log2A-log2B。所以如果给出的是一个未经log2的数值,函数也会直接相减以得到log2FC,这就导致计算出来的差异表达高达几百甚至上千。

并且,通过RMA法进行预处理时,已经经过了log2。

但是在GEO中,一些Series Matrix File(s)仍是没有log2或者标准化,关于判断方法见下帖:

GEO芯片数据差异表达分析时是否需要log2以及标准化的问题

https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/88542558

使用GEO芯片数据通过limma包进行差异表达的教程

https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/83541443

 

 

这篇关于生物信息学入门 GEO芯片数据差异表达分析时需要log2处理的原因的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/935920

相关文章

MySQL大表数据的分区与分库分表的实现

《MySQL大表数据的分区与分库分表的实现》数据库的分区和分库分表是两种常用的技术方案,本文主要介绍了MySQL大表数据的分区与分库分表的实现,文中通过示例代码介绍的非常详细,对大家的学习或者工作具有... 目录1. mysql大表数据的分区1.1 什么是分区?1.2 分区的类型1.3 分区的优点1.4 分

Mysql删除几亿条数据表中的部分数据的方法实现

《Mysql删除几亿条数据表中的部分数据的方法实现》在MySQL中删除一个大表中的数据时,需要特别注意操作的性能和对系统的影响,本文主要介绍了Mysql删除几亿条数据表中的部分数据的方法实现,具有一定... 目录1、需求2、方案1. 使用 DELETE 语句分批删除2. 使用 INPLACE ALTER T

python+opencv处理颜色之将目标颜色转换实例代码

《python+opencv处理颜色之将目标颜色转换实例代码》OpenCV是一个的跨平台计算机视觉库,可以运行在Linux、Windows和MacOS操作系统上,:本文主要介绍python+ope... 目录下面是代码+ 效果 + 解释转HSV: 关于颜色总是要转HSV的掩膜再标注总结 目标:将红色的部分滤

Python Dash框架在数据可视化仪表板中的应用与实践记录

《PythonDash框架在数据可视化仪表板中的应用与实践记录》Python的PlotlyDash库提供了一种简便且强大的方式来构建和展示互动式数据仪表板,本篇文章将深入探讨如何使用Dash设计一... 目录python Dash框架在数据可视化仪表板中的应用与实践1. 什么是Plotly Dash?1.1

找不到Anaconda prompt终端的原因分析及解决方案

《找不到Anacondaprompt终端的原因分析及解决方案》因为anaconda还没有初始化,在安装anaconda的过程中,有一行是否要添加anaconda到菜单目录中,由于没有勾选,导致没有菜... 目录问题原因问http://www.chinasem.cn题解决安装了 Anaconda 却找不到 An

Spring定时任务只执行一次的原因分析与解决方案

《Spring定时任务只执行一次的原因分析与解决方案》在使用Spring的@Scheduled定时任务时,你是否遇到过任务只执行一次,后续不再触发的情况?这种情况可能由多种原因导致,如未启用调度、线程... 目录1. 问题背景2. Spring定时任务的基本用法3. 为什么定时任务只执行一次?3.1 未启用

Python实现自动化接收与处理手机验证码

《Python实现自动化接收与处理手机验证码》在移动互联网时代,短信验证码已成为身份验证、账号注册等环节的重要安全手段,本文将介绍如何利用Python实现验证码的自动接收,识别与转发,需要的可以参考下... 目录引言一、准备工作1.1 硬件与软件需求1.2 环境配置二、核心功能实现2.1 短信监听与获取2.

Redis 中的热点键和数据倾斜示例详解

《Redis中的热点键和数据倾斜示例详解》热点键是指在Redis中被频繁访问的特定键,这些键由于其高访问频率,可能导致Redis服务器的性能问题,尤其是在高并发场景下,本文给大家介绍Redis中的热... 目录Redis 中的热点键和数据倾斜热点键(Hot Key)定义特点应对策略示例数据倾斜(Data S

Python使用date模块进行日期处理的终极指南

《Python使用date模块进行日期处理的终极指南》在处理与时间相关的数据时,Python的date模块是开发者最趁手的工具之一,本文将用通俗的语言,结合真实案例,带您掌握date模块的六大核心功能... 目录引言一、date模块的核心功能1.1 日期表示1.2 日期计算1.3 日期比较二、六大常用方法详

Python实现将MySQL中所有表的数据都导出为CSV文件并压缩

《Python实现将MySQL中所有表的数据都导出为CSV文件并压缩》这篇文章主要为大家详细介绍了如何使用Python将MySQL数据库中所有表的数据都导出为CSV文件到一个目录,并压缩为zip文件到... python将mysql数据库中所有表的数据都导出为CSV文件到一个目录,并压缩为zip文件到另一个