代码+视频一步到位:手把手教你R语言竞争风险模型建模-列线图-校准曲线-K折验证-外部验证- 决策曲线

本文主要是介绍代码+视频一步到位:手把手教你R语言竞争风险模型建模-列线图-校准曲线-K折验证-外部验证- 决策曲线,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

竞争风险模型就是指在临床事件中出现和它竞争的结局事件,这是事件会导致原有结局的改变,因此叫做竞争风险模型。比如我们想观察患者肿瘤的复发情况,但是患者在观察期突然车祸死亡,或者因其他疾病死亡,这样我们就观察不到复发情况了,这种情况下不能把缺失数据仅仅当做右删失处理,这样的话会造成数据的估值错误。这是我们应该优先选择竞争风险模型来做数据分析,而不是COX回归。我们在既往文章《手把手教你使用R语言做竞争风险模型并绘制列线图》中已经介绍了cmprsk包建立竞争风险模型和绘制列线图,但是cmprsk包功能还是相对简单一点,而且制作列线图的时候还需要对数据进行加权,对新手不怎么友好,许多人做不出来。

在这里插入图片描述
今天我们来介绍一下QHScrnomo包,QHScrnomo是在cmprsk包的基础上将功能呢继续完善,简化流程,可以做出竞争风险模型建模-列线图-校准曲线-K折验证-外部验证-决策曲线等诸多功能,总有一款适合你。
好了,废话不多说,立即开始

为竞争风险模型构建列线图

代码

library(QHScrnomo)
#公众号回复:前列腺癌,可以获得这个数据
bc<-read.csv("E:/r/test/qianliexian.csv",sep=',',header=TRUE)
######数据按7:3比例划分
set.seed(123)
tr1<- sample(nrow(bc),0.7*nrow(bc))##随机无放抽取
bc_train <- bc[tr1,]#70%数据集
bc_test<- bc[-tr1,]#30%数据集
#######整理数据
dd <- datadist(bc_train)
options(datadist = "dd")
######建立模型
prostate.f <- cph(Surv(TIME_EVENT,EVENT_DOD == 1) ~ TX + rcs(PSA,3) +BX_GLSN_CAT + CLIN_STG + rcs(AGE,3) +RACE_AA, data = bc_train,x = TRUE, y= TRUE, surv=TRUE,time.inc = 144)prostate.crr <- crr.fit(prostate.f,cencode = 0,failcode = 1)
#解析模型
summary(prostate.crr)
#对部分指标重命名,这样新的名字就会在列线图出现
prostate.g <- Newlabels(prostate.crr,c(TX = 'Treatment options', BX_GLSN_CAT = 'Biopsy Gleason Score Sum',CLIN_STG = 'Clinical stage'))
###建立列线图并绘图
nomogram.crr(prostate.g,failtime = 120,lp=FALSE,xfrac=0.65,fun.at = seq(0.2, 0.45, 0.05),funlabel = "Predicted 10-year cumulative incidence")nomogram.crr(prostate.crr,failtime = 120,lp=FALSE,xfrac=0.65,fun.at = seq(0.2, 0.45, 0.05),funlabel = "Predicted 10-year cumulative incidence")##计算公式
sas.cmprsk(prostate.crr, time = 120)###10折交叉验证
bc_train$preds.tenf <- tenf.crr(prostate.crr, time=120, fold = 10)##C指数 cindex
with(bc_train, cindex(preds.tenf,ftime = TIME_EVENT,fstatus =EVENT_DOD, type = "crr"))["cindex"]##Cindex计算好以后我们继续绘制校准曲线
with(bc_train,groupci(preds.tenf, ftime = TIME_EVENT,fstatus =EVENT_DOD, g = 5, u = 120,xlab = "Nomogram predicted 10-year cancerspecific mortality",ylab = "Observed predicted 10-year cancerspecific mortality")
)with(bc_train,groupci(preds.tenf, ftime = TIME_EVENT,fstatus =EVENT_DOD, g = 10, u = 120,xlab = "Nomogram predicted 10-year cancerspecific mortality",ylab = "Observed predicted 10-year cancerspecific mortality")
)  

这篇关于代码+视频一步到位:手把手教你R语言竞争风险模型建模-列线图-校准曲线-K折验证-外部验证- 决策曲线的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/684157

相关文章

C语言中位操作的实际应用举例

《C语言中位操作的实际应用举例》:本文主要介绍C语言中位操作的实际应用,总结了位操作的使用场景,并指出了需要注意的问题,如可读性、平台依赖性和溢出风险,文中通过代码介绍的非常详细,需要的朋友可以参... 目录1. 嵌入式系统与硬件寄存器操作2. 网络协议解析3. 图像处理与颜色编码4. 高效处理布尔标志集合

Go语言开发实现查询IP信息的MCP服务器

《Go语言开发实现查询IP信息的MCP服务器》随着MCP的快速普及和广泛应用,MCP服务器也层出不穷,本文将详细介绍如何在Go语言中使用go-mcp库来开发一个查询IP信息的MCP... 目录前言mcp-ip-geo 服务器目录结构说明查询 IP 信息功能实现工具实现工具管理查询单个 IP 信息工具的实现服

利用Python调试串口的示例代码

《利用Python调试串口的示例代码》在嵌入式开发、物联网设备调试过程中,串口通信是最基础的调试手段本文将带你用Python+ttkbootstrap打造一款高颜值、多功能的串口调试助手,需要的可以了... 目录概述:为什么需要专业的串口调试工具项目架构设计1.1 技术栈选型1.2 关键类说明1.3 线程模

Python Transformers库(NLP处理库)案例代码讲解

《PythonTransformers库(NLP处理库)案例代码讲解》本文介绍transformers库的全面讲解,包含基础知识、高级用法、案例代码及学习路径,内容经过组织,适合不同阶段的学习者,对... 目录一、基础知识1. Transformers 库简介2. 安装与环境配置3. 快速上手示例二、核心模

C 语言中enum枚举的定义和使用小结

《C语言中enum枚举的定义和使用小结》在C语言里,enum(枚举)是一种用户自定义的数据类型,它能够让你创建一组具名的整数常量,下面我会从定义、使用、特性等方面详细介绍enum,感兴趣的朋友一起看... 目录1、引言2、基本定义3、定义枚举变量4、自定义枚举常量的值5、枚举与switch语句结合使用6、枚

Java的栈与队列实现代码解析

《Java的栈与队列实现代码解析》栈是常见的线性数据结构,栈的特点是以先进后出的形式,后进先出,先进后出,分为栈底和栈顶,栈应用于内存的分配,表达式求值,存储临时的数据和方法的调用等,本文给大家介绍J... 目录栈的概念(Stack)栈的实现代码队列(Queue)模拟实现队列(双链表实现)循环队列(循环数组

Linux内核参数配置与验证详细指南

《Linux内核参数配置与验证详细指南》在Linux系统运维和性能优化中,内核参数(sysctl)的配置至关重要,本文主要来聊聊如何配置与验证这些Linux内核参数,希望对大家有一定的帮助... 目录1. 引言2. 内核参数的作用3. 如何设置内核参数3.1 临时设置(重启失效)3.2 永久设置(重启仍生效

使用Java将DOCX文档解析为Markdown文档的代码实现

《使用Java将DOCX文档解析为Markdown文档的代码实现》在现代文档处理中,Markdown(MD)因其简洁的语法和良好的可读性,逐渐成为开发者、技术写作者和内容创作者的首选格式,然而,许多文... 目录引言1. 工具和库介绍2. 安装依赖库3. 使用Apache POI解析DOCX文档4. 将解析

C++使用printf语句实现进制转换的示例代码

《C++使用printf语句实现进制转换的示例代码》在C语言中,printf函数可以直接实现部分进制转换功能,通过格式说明符(formatspecifier)快速输出不同进制的数值,下面给大家分享C+... 目录一、printf 原生支持的进制转换1. 十进制、八进制、十六进制转换2. 显示进制前缀3. 指

使用Python实现全能手机虚拟键盘的示例代码

《使用Python实现全能手机虚拟键盘的示例代码》在数字化办公时代,你是否遇到过这样的场景:会议室投影电脑突然键盘失灵、躺在沙发上想远程控制书房电脑、或者需要给长辈远程协助操作?今天我要分享的Pyth... 目录一、项目概述:不止于键盘的远程控制方案1.1 创新价值1.2 技术栈全景二、需求实现步骤一、需求