QIIME 2 16S扩增子分析基础流程及常用命令（新手友好向）

本文主要是介绍QIIME 2 16S扩增子分析基础流程及常用命令（新手友好向），希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！

整理了之前的QIIME 2 学习总结，挑选了非常基础实用的部分做一个QIIME 2 学习大礼包（没错就是这篇文章）。对基础分析的流程来说内容涵盖非常全。
我觉得很适合当作工具书来使用_(:з)∠)_
如果有帮到你请给一个赞哦~👍
下载这篇文章的 PDF 版随时查阅：QIIME2扩增子分析流程及常用命令.pdf

以下是正文内容：

必看：

QIIME 2 官方论坛（非常有用哦）
使用该页面查看 QIIME 2 的 qzv 后缀可视化文件
QIIME 2 官方文档：
【中文参考】
【英文原版】 https://docs.qiime2.org/2020.11/
官方文档会隔几个月更新一次，~~而我不会同步更新链接~~，点链接进去戳【Latest Docs】按钮就好啦。每个版本的更新内容在官方论坛里可以找到。😊
推荐一看的参考教程（中文版）：
QIIME 2用户文档.4人体各部位微生物组分析实战Moving Pictures
QIIME 2 安装教程：https://docs.qiime2.org/2020.6/install/

一、将16S 数据导入QIIME 2
- 1. 生成原始数据的file path文件
- 2. 导入QIIME2
二、降噪（Denoise）流程
- 1. Deblur 流程
- - （1）先使用QIIME 2的 vsearch 接口做join pairs
  - （2）按测序碱基质量过滤序列
  - （3）降噪
- 2. Dada 2 流程
- - （1）降噪
- 3. table.qza（拓展内容）
三、过滤feature table
- 1. 按代表序列数量过滤
- 2. 偶然因素过滤
- 3. 过滤序列
四、各个OTU的代表序列及系统发育树的构建
- 1. 为Alpha多样性分析提供系统发育树
- 2. 导出上一步生成的进化树
五、多样性分析
- 1. 多样性指数介绍
- - (1) Alpha多样性指数：
  - (2) Beta 多样性指数
- 2. QIIME 2 计算多样性指数（拓展内容）
- 3. 计算核心多样性（无树的情况）
- 4. 计算核心多样性（系统发育树）
- 5. Alpha多样性分析结果可视化和组间显著性分析
- 6. Beta多样性分析结果可视化和组间显著性分析
- 7. QIIME 2 的抽样方法（拓展内容）
- 8. 阿尔法稀疏曲线：
六、物种组成分析
- 1. 下载 / 训练物种注释分类器
- - (1) 准备文件：
  - (2) 训练分类器
- 2. 物种注释和可视化
- 3. 物种注释的堆叠柱状图
- 4. 差异分类学级别分析：以按门水平合并再统计差异（拓展内容）
- - (1) 生成对应级别的特征表
  - (2) 去除零生成组成型特征表
  - (3) 在门水平按取样部分分析
- 5. 合并feature count与taxonomy information (拓展内容)

一、将16S 数据导入QIIME 2

1. 生成原始数据的file path文件

该文件包含首行、每个样本的 ID、rawreads文件路径、forward或reverse信息。
首行必须是：sample-id,absolute-filepath,direction

文件格式示例：

2. 导入QIIME2

输入：路径文件
输出：demux-summary.qza

单端数据使用命令：

qiime tools import --type 'SampleData[SequencesWithQuality]'  --input-path input-path-list.tsv --output-path single-end-demux.qza  --input-format SingleEndFastqManifestPhred33

双端数据使用命令：

qiime tools import --type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' --input-path input-path-list.tsv --output-path demux-summary.qza --input-format PairedEndFastqManifestPhred33

生成qzv可视化文件查看数据质量：