本文主要是介绍IGV、BWA、Samtool的可视化分析过程。，希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！
1.首先使用BWA进行reads比对，结果会产生sam文件。
2.对结果文件进行可视化的时候必须要注意，IGV并不是支持所有的文件格式，所以要通过samtool进行格式转换。
3.所以比对后的sam文件不能够进行直接可视化，首先通过samtool软件进行格式转化为bam文件，
samtools view -h file.bam > file.samsamtools view -b -S file.sam > file.bam
4.然后进一步对bam文件进行排序，
samtools sort file.bam file.sorted
5.下一步对排序好的文件建立索引；
samtools index file.sorted.bam
6.将bam文件转换成tdf文件
使用IGVtools将文件转换成*.tdf
7将tdf文件导入IGV进行可视化
；
这篇关于IGV、BWA、Samtool的可视化分析过程。的文章就介绍到这儿，希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助！
