很简单，就下面3行命令 gff=(grep ^"#" $gff; grep -v ^"#" $gff | sort -k1,1 -k4,4n) | bgzip > sorted.gff.gz;tabix -p gff sorted.gff.gz; 第一行的gff是定义输入文件。第二行是对GFF文件进行排序。第三行是利用HTSLIB中的tabix工具建立索引，得到一个sorted.gff.gz

1.首先使用BWA进行reads比对，结果会产生sam文件。 2.对结果文件进行可视化的时候必须要注意，IGV并不是支持所有的文件格式，所以要通过samtool进行格式转换。 3.所以比对后的sam文件不能够进行直接可视化，首先通过samtool软件进行格式转化为bam文件， samtools view -h file.bam > file.samsamtools view -b -S

【Backgrounds】在使用igv时，我们的测序数据可能非常大，可能有几百个GB，传输到window电脑上非常耗时，而且不一定能带动。所以我们可以在Linux中安装一个igv，并在windows系统中进行可视化操作会方便很多。 1. 下载和安装XMING 1.1 下载XMING 使用windows的电脑下载XMING，链接如下： https://sourceforge.net/pro