linux服务器上安装IGV，并在windows系统中进行可视化操作（CentOS)

【Backgrounds】在使用igv时，我们的测序数据可能非常大，可能有几百个GB，传输到window电脑上非常耗时，而且不一定能带动。所以我们可以在Linux中安装一个igv，并在windows系统中进行可视化操作会方便很多。

1. 下载和安装XMING

1.1 下载XMING

使用windows的电脑下载XMING，链接如下：

https://sourceforge.net/projects/xming/

1.2 安装XMING

首先点击xxx.setup.exe文件进入安装界面，直接按照默认的来，也可以选择安装目录进行自定义安装，最后可以选择桌面快捷方式。安装完毕后，会有两个快捷方式的图标，一个是Xming，一个是Xlaunch，如果你安装的时候没有勾选创建快捷方式，就在安装目录中找。

第二步，先点开Xlaunch，会显示一个display number，我这方框里面是0，记住它，后面配置xshell的时候有用。然后一直默认下一步，直到完成。

第三步，在安装目录中找到X0.host文件，用记事本打开，在第二行输入你服务器的ip地址。

2. Xshell 配置

2.1 配置

这里默认你的电脑已经安装好了xshell，并且你的xshell已经成功连上了服务器。在此基础上，我们进一步在xshell进行如下设置，设置完后点击确认，通过xshell登陆服务器。
“0.0”与上图注意1中（Xming的设置界面）的数值相等。如果上图中设置“Display number”为“1”，那么这里localhost后面就要跟“1.0”.

2.2 登录

用XShell 登录Linux系统后：
export DISPLAY=Windows系统电脑的IP地址:0.0
这里的0.0跟之前的要根据之前的Display number来设置。

2.3 测试（可选的步骤）

你可以通过下面的代码安装一个小软件，但需要sudo权限测试上述的Xming和xshell是否已经配置成功

sudo yum install xorg-x11-apps.x86_64
##输入密码

安装成功后，并确保你的windows已经启动了Xming软件。在xshell中输入xclock，会显示出一个时钟，则说明你前面的步骤已经配置成功。

3. Linux服务器的igv安装和相关配置

3.1 下载igv

链接

https://software.broadinstitute.org/software/igv/download

选择红框的版本下载到服务器。

3.2 解压即用

在xshell中运行以下命令

## 先进入到安装包所在目录后，unzip解压,bash命令运行即用
unzip IGV_Linux_2.16.2_WithJava.zip
cd IGV_Linux_2.16.2
bash igv.sh

在运行上述命令后，你的windows系统会出现igv的界面（运行前，确保window的Xming已经打开）
若未成功运行，可能你前面的配置不成功

3.3 快速启动

当你以后想快速启动时，你可以选择在用户的桌面中的.bashrc文件中加入以下内容：

## igv运行
alias igv='bash /IGV安装的绝对路径/IGV_Linux_2.16.2/igv.sh'

在下次启动时，你既可以通过以下命令快速启动：

source ~/.bashrc
igv

参考链接：

https://zhuanlan.zhihu.com/p/108571232
http://t.csdn.cn/hbct1
https://blog.csdn.net/sfjsww66/article/details/103938948
https://blog.csdn.net/LandRoverzxy/article/details/99679829
https://blog.csdn.net/Strive_For_Future/article/details/123219083