samtool专题

IGV、BWA、Samtool的可视化分析过程。

1.首先使用BWA进行reads比对,结果会产生sam文件。 2.对结果文件进行可视化的时候必须要注意,IGV并不是支持所有的文件格式,所以要通过samtool进行格式转换。 3.所以比对后的sam文件不能够进行直接可视化,首先通过samtool软件进行格式转化为bam文件, samtools view -h file.bam > file.samsamtools view -b -S