新型冠状病毒的信息汇总与分析 (形态，分类，基因组，进化，变异，流行病学)

本文主要是介绍新型冠状病毒的信息汇总与分析 (形态，分类，基因组，进化，变异，流行病学)，希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！

介绍

新型冠状病毒，是一类具有包膜、基因组为线性单股正链的RNA病毒，颗粒呈圆形或椭圆形，直径约60-140nm。

正链意味着病毒进入细胞后就可以直接指导蛋白质合成，而且通过RNA聚合酶生成负链来进行自我复制

此次武汉发现的冠状病毒是新发现的在人类中传播的病毒株系，被WHO命名为2019新型冠状病毒（2019-nCoV）。

其他与之同属于冠状病毒会感染人类并引起疾病，比如中东呼吸综合征（MERS）和严重急性呼吸综合征（SARS），其症状可从普通感冒到重症肺部感染。

冠状病毒形态

• 刺突糖蛋白（Spike，S）：组成病毒粒表面有球棒状的突出部分，属于I型跨膜蛋白。可以被S酶分解为S1和S2两个功能单位 。S1用来促进病毒结合到宿主细胞受体，与宿主受体互作区（RBD区）与受体结合。这个区域可以与ACE2蛋白结合，如果结合完成，那么新型冠状病毒就会感染人呼吸道上皮细胞，进而导致肺炎。
• 血凝素-酯酶蛋白（hemagglutinin-esterase，HE）：β冠状病毒属（新型冠状病毒）的结构，I型跨膜蛋白
• 膜糖蛋白（membrane glycoprotein，M）：通过三个跨膜结构域嵌入病毒包膜里
• 包膜蛋白（envelope，E）：跨膜蛋白
• 核衣壳（nucleocapsid，N） ：以串珠的形式结合到RNA基因组上，形成螺旋对称的核衣壳

分类

基因组

参考基因组序列

• NCBI

  第一个上传的基因组数据

  Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome

  这一版本的基因组相对后面发布的基因组，有更加全面的信息，详细内容进https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947

  

作者在上传基因组数据的声明，这个基因组的发布引起的学术纠纷不再赘述

http://virological.org/t/novel-2019-coronavirus-genome/319

• 国家基因库

  链接：https://db.cngb.org/search/assembly/CNA0007332/

  

  比如基因组下载：ftp://ftp.cngb.org/pub/CNSA/CNP0000881/CNS0191792/CNA0007332/2019-nCoV_WH01.completeGenome.fa.gz

  其他更新ID：CNA0007332 ，CNA0007333 ，CNA0007334 ，CNA0007335

• 国家基因组科学数据中心

  https://bigd.big.ac.cn/gwh/Assembly/947/show

  

  其他更新ID：GWHABKF00000000 ，GWHABKG00000000 ，GWHABKH00000000 ，GWHABKI00000000 ，GWHABKJ00000000

蛋白质三维结构

1月26日，上海科技大学饶子和/杨海涛课题组测定的2019-nCoV冠状病毒的部分高分率晶体结构
COVID-19主蛋白酶与抑制剂N3配合物的晶体结构
目前PDB ID: 6LU7

联系 liux@nankai.edu.cn

基因组流行病学分析

https://nextstrain.org/ncov

基因组变异及进化树

最近，国家基因组中心更新了 2019nCoVR 专题，链接：https://bigd.big.ac.cn/ncov/

• 基因组序列信息

  

• 基因组变异分析

  

• 进化树分析（来自NGDC）

  

其他信息：

https://www.who.int/westernpacific/emergencies/novel-coronavirus

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参考：

https://mp.weixin.qq.com/s/RcOtYOnk5xRpyf5KH01dnQ

https://phil.cdc.gov/Details.aspx?pid=23312

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