1、进行能量最小化 下载官方提供的参数文件：em.mdp ，或者直接复制这里： ; LINES STARTING WITH ';' ARE COMMENTStitle = Minimization ; Title of run; Parameters describing what to do, when to stop and what to saveintegrator

1、蛋白质的准备： 在RCSB网站下载想要的蛋白晶体（教程里是3htb），用notepad等编辑器或是分子可视化软件除去里面的非蛋白分子或离子。 这里采用的是一个经过分子对接后的蛋白质pdb和配体小分子的pdb。 教程里提到的配体是2-丙基苯酚（JZ4），是一个非肽类分子，同时存在于3htb蛋白里。可以用notepad给他抽出为一个单独的pdb。如果是一个短肽类分子，可以利用gromacs自

published at nature communication (2024.01.24) code link paper link 摘要 尽管在预测静态蛋白质结构方面取得了重大进展，但蛋白质的内在动态性，受到配体调节，对于理解蛋白质功能和促进药物发现至关重要。 传统的对接方法，常用于研究蛋白质-配体相互作用，通常将蛋白质视为刚性体。虽然分子动力学模拟可以提出适当的蛋白质构象，但由于生物学

我们知道，当趋化因子与相应的受体结合后，可以控制免疫细胞在组织器官和循环系统中迁移路径，从而到达受感染部位并执行清除感染源、消灭异常增殖细胞、促进伤口愈合等功能。此外，趋化因子还参与胚胎期免疫系统、循环系统和中枢神经系统的形成和发育[1]。 当前已报道的趋化因子在功能上具有一些共同的特征，比如分子量小（约 8 -14 KDa），有四个位置保守的半胱氨酸残基以保证其三级结构。其中趋化因子 CXCL

瑞禧生物小编下面为大家整理了磷脂酰丝氨酸多肽配体修饰的二氧化硅微球/纳米二氧化硅/四氧化三铁壳核颗粒的应用，和小编一起来看看吧！ 纳米二氧化硅/四氧化三铁壳核颗粒应用： 采用微乳液法,在表面活性剂NP-5与环己烷的体系中加入15nm左右的四氧化三铁超顺磁纳米颗粒,在30%氨水的体系中引入TEOS以形成二氧化硅包裹的四氧化三铁超顺磁颗粒,随后对纳米颗粒进行氨基改性,采用共价作用引入近红外功能

文章目录 计算机辅助药物设计AIDD【小分子专题】AIDD概述及药物综合数据库学习机器学习辅助药物设计图神经网络辅助药物设计自然语言处理辅助药物设计药物设计与分子生成 计算机辅助药物设计【蛋白质专题】蛋白质数据结构激酶-Kinase相似性学习基于序列的蛋白质属性预测基于结构的蛋白质属性预测蛋白质-配体相互作用预测PLI 计算机辅助药物设计AIDD【小分子专题】 AIDD概述及药

速度vs精度：在AutoDock Vina中，不同对接盒子Box Size 、 Exhaustiveness对配体姿势精度的影响 介绍： 在Autodock Vina的中，用户需要提供两个关键的相关参数: 1)盒子大小（Box Size），即对接搜索空间的大小; 2)Exhaustiveness，即从随机配体结构开始的独立运行的数量(每一次运行都由连续的局部优化步骤组成，其中包括对评分

英文名称：POPd DIHYDROGEN DICHLOROBIS(DI-T-BUTYLPHOSPHINITO-KP)PALLADATE(2-) 英文别名：Palladate(2-),bis[bis(1,1-dimethylethyl)phosphinito-kP]dichloro-, dihydrogen (9CI); Bis[bis(1,1-dimethylethyl)phosphinous a

荧光标记技术 荧光基团的共价键连接到蛋白、核酸等能够识别分子物质上的一种技术。这种技术通过了荧光的信号物质的特定基团，与识别分子物质的特定基团反应，从而完成其标记过程，利用标记物的荧光特性，来提供被检测对象的信号。荧光标记方法具有如无放射性、操作简单、高灵敏度和较好选择性等优点。荧光标记物种类多、标记方法灵活，可应用于多种生物大分子以及药物的检测。 常见的荧光染料有异硫氰酸荧光素(FITC)、

cas70152-54-4|内消旋-四(间苯甲酸)卟吩|金属骨架cof配体材料 中文名称:内消旋-四(间苯甲酸)卟吩 英文名称:3,3',3'',3'''-(21H,23H-porphine-5,10,15,20-tetrayl)tetrakis-Benzoic acid CAS ：70152-54-4 分子式：C48H30N4O8 分子量：790.7738 纯度 ：98% cas7