微生物群落在生态系统中发挥则重要功能，我们在对微生物群落进行分析时，会将不同分类水平（从门到属）的微生物类群的相对丰度与测定的某一生态功能进行相关性分析。但由于微生物类群数较多，又有不同的分类水平，将其包揽在一个图中，并显示不同的微生物类群的名字，会显得十分杂乱，因此我们尝试使用交互式的可视化来进行探索性分析。下面我们将结合R语言和javascript，来实现这一任务。考虑到微生物生态学方面的

微生物群落在促进养分循环、协助植物生长、维持人体健康等方面发挥着重要的作用。群落关键种对维持微生物群落稳定性具有重要影响，识别关键种一直是微生物生态学中的热点话题。识别关键种主要有两种框架：数据驱动的方法（data driven method）和去除实验（perturbation experiment）。其中数据驱动的方法主要有三种： 基于共现网络的方法top-down方法基于深度学习的方

# 网络是研究微生物生态共现模式的常用方法。在这一部分中，我们描述了trans_network类的所有核心内容。 # 网络构建方法可分为基于关联的和非基于关联的两种。有几种方法可以用来计算相关性和显著性。 #我们首先介绍了基于关联的网络。trans_network中的cal_cor参数用于选择相关计算方法。 > t1 <- trans_network$new(dataset = dataset,

Devin Drown和他在美国阿拉斯加大学费尔班克斯分校（University of Alaska Fairbanks）的团队一直在利用OxfordNanopore纳米孔技术带来的长读长测序的优势，致力于研究永久冻土的融化对土壤微生物群落造成的影响1。永久冻土是土壤、砾石和沙子的永久冻结层，位于地球表面或地表以下。 永久冻土指的是至少连续冻结两年的地区，而大多数的永久冻土已经冻结了数百甚至

点击蓝字 关注我们 Mid-Autumn Festival 编辑：朱松梅    校对：祝新宇 论文ID 原名：Metabolic adaptation to vitamin auxotrophy by leaf-associated bacteria 译名： 叶片细菌群落中维生素营养缺陷的代谢适应 第一作者：Birgitta Ryback 作者单位：Institute of Microbiol

参考： https://grunwaldlab.github.io/analysis_of_microbiome_community_data_in_r/index.html 1.下载需要的软件和数据 1.1 安装R、Rstudio和必要的R包 1.1.1 安装R R是一门关注统计学、数据科学、可视化的编程语言。它可以再所有的公共操作系统安装，R语言可以从如下地址下载： https:

Establishing Causality: Opportunities of Synthetic Communities for Plant Microbiome Research 建立因果关系：合成菌群在植物菌群研究中的机会 Cell Host and Microbe    [IF:17.872]  2017-08-09  Perspective DOI: https://doi.org/

点击蓝字 关注我们 新加坡城市污水处理厂中流式细胞仪分类群落和鸟枪法病毒宏基因组学的比较研究 iMeta主页：http://www.imeta.science 研究论文 ● 原文链接DOI: 10.1002/imt2.39 ● 2022年7月28日，新加坡国立大学环境研究所Karina Yew-Hoong Gin团队在iMeta在线发表了题为“A comparative study of fl