类群专题

南京大学田兴军团队在土壤微生物的功能类群以及在中国土壤生态系统的分解潜力取得进展（两篇）

研究成果一：土壤微生物群落功能是由占据不同生态位的、高度多样化的微生物之间发生的复杂相互作用决定的。这些微生物相互作用对环境变化的反应敏感，并且往往在土壤“暗箱”中悄然发生，故极大地限制了我们对微生物功能的理解。本研究基于微生物的“分工合作”，提出一个新的微生物分类框架：矿工（Miners）、清道夫（Scavengers）和运输者（Carriers），以解开参与养分获取过程中复杂的微生物相互作用。

Microbiome | 山东大学与马普所揭示不同大型藻类共有附生细菌类群

揭示不同大型藻类共生菌群的核心细菌 Epiphytic common core bacteria in the microbiomes of co-located green (Ulva), brown (Saccharina) and red (Grateloupia, Gelidium) macroalgae - 导读 - 2023年6月，山东大学海洋学院、微生物技术国家重点实验室杜宗军教

R语言【taxlist】——get_children()，get_parents()：检索分类概念的子类群或父类群

Package taxlist version 0.2.4 Description 检索所查询分类单元概念的所有子概念或父概念。 Usage get_children(taxlist, ...)## S3 method for class 'taxlist'get_children(taxlist, ConceptID, ...)get_parents(taxlist, .

R语言【taxa】——roots()，stems()，subtaxa()，supertaxa()：获取根节点、茎节点、子类群和父类群

roots(x, subset = NULL) 在 taxonomy 中查找根节点类群的索引值。 > x <- taxonomy(c('Carnivora', 'Felidae', 'Panthera', 'Panthera leo',+ 'Panthera tigris', 'Ursidae', 'Ursus', 'Ursus arctos'

R语言【taxa】——n_subtaxa()，n_supertaxa()：每个类群的子类群数量和父类群数量

Package taxa version 0.4.2 n_subtaxa(x, subset = NULL, max_depth = NULL, include = FALSE) 参数【x】：获取子类群的对象，比如 taxonomy。参数【subset】：检索的树的子集。索引或名称。参数【max_depth】：挖掘的等级深度。比如，max_depth = 1 表示值返回直接子

R语言【paleobioDB】——pbdb_orig_ext()：绘制随着时间变化而出现的新类群

Package paleobioDB version 0.7.0 paleobioDB 包在2020年已经停止更新，该包依赖PBDB v1 API。可以选择在Index of /src/contrib/Archive/paleobioDB (r-project.org)下载安装包后，执行本地安装。 Usage pbdb_orig_ext (data, rank, tempor

R语言【paleobioDB】——pbdb_richness()：绘制指定类群的数量丰度

Package paleobioDB version 0.7.0 paleobioDB 包在2020年已经停止更新，该包依赖PBDB v1 API。可以选择在Index of /src/contrib/Archive/paleobioDB (r-project.org)下载安装包后，执行本地安装。 Usage pbdb_richness (data, rank, res, te

MPB：中科院生态环境中心邓晔等-细胞内融合基因技术 (epicPCR) 测定功能类群多样性...

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