signac专题

Signac R|如何合并多个 Seurat 对象 (2)

引言 在本文中演示了如何合并包含单细胞染色质数据的多个 Seurat 对象。为了进行演示,将使用 10x Genomics 提供的四个 scATAC-seq PBMC 数据集: 500-cell PBMC 1k-cell PBMC 5k-cell PBMC 10k-cell PBMC 构建数据对象 接下来,将利用已经量化的矩阵数据,针对每个数据集构建一个 Seurat 数据对象

Signac 单细胞|ATAC-seq Call peak

引言 本文将向您展示如何利用MACS2软件,在单细胞ATAC-seq的基因组数据中识别基因调控区域的峰值。 实战 在使用Signac进行峰值检测之前,您需要先安装MACS2。您可以通过pip或conda安装它,或者从源代码自行编译。 本次演示以人类外周血单核细胞的单细胞ATAC-seq数据为例。首先,请加载必要的软件包和预先处理过的Seurat数据对象。 library(Signac)libra

Signac|成年小鼠大脑 单细胞ATAC分析(2)

引言 在本教程中,我们将探讨由10x Genomics公司提供的成年小鼠大脑细胞的单细胞ATAC-seq数据集。本教程中使用的所有相关文件均可在10x Genomics官方网站上获取。 本教程复现了之前在人类外周血单核细胞(PBMC)的Signac入门教程中执行的命令。我们通过在不同的系统上进行相同的分析,来展示其性能以及对不同组织类型的适用性,并提供了一个来自不同物种的示例。 创建基因活动矩阵

Signac|成年小鼠大脑 单细胞ATAC分析(1)

引言 在本教程中,我们将探讨由10x Genomics公司提供的成年小鼠大脑细胞的单细胞ATAC-seq数据集。本教程中使用的所有相关文件均可在10x Genomics官方网站上获取。 本教程复现了之前在人类外周血单核细胞(PBMC)的Signac入门教程中执行的命令。我们通过在不同的系统上进行相同的分析,来展示其性能以及对不同组织类型的适用性,并提供了一个来自不同物种的示例。 实战 首先,我们

单细胞分析(Signac): PBMC scATAC-seq 整合

引言 在本教学指南中,我们将探讨由10x Genomics公司提供的人类外周血单核细胞(PBMCs)的单细胞ATAC-seq数据集。 加载包 首先加载 Signac、Seurat 和我们将用于分析人类数据的其他一些包。 if (!requireNamespace("EnsDb.Hsapiens.v75", quietly = TRUE))    BiocManager::install("Ens