Gephi-Toolkit是一个工具包，可以不依赖NetBeans平台来对输入数据进行可视化，输入数据一般是gexf等格式的文件，大多已经完成了坐标计算过程，用此Toolkit的目的就是使用Gephi强大的绘图功能(还有独立的其他功能，这里暂不展开)。详细项目地址点击 这里 。 在上述Github的项目地址中，有详细的代码demo和使用的部分示例数据。所以具体使用直接参见GitHub即可。 项

大规模的网络可视化在使用networkx 这样的分析工具绘图时需要调用的时matplotlib的第三方库，这样就造成绘图工作超级慢，对可视化的分析也是很困难。这里推荐一款gephi工具，可以任意的对节点进行分析研究。对生成的节点按照需求进行布局，分析，编辑。很好用。基于java和openGL，速度也不算慢。我的节点为十万级的，表示运作速度还算ok 外网有一个gephi的中文教程，是中国人录的，推

目录 一、Gephi介绍 二、导入CSV文件构建网络 三、图片输出 一、Gephi介绍 Gephi具有强大的网络分析功能，可以进行各种网络度量，如度中心性、接近中心性、介数中心性等。它还支持社区检测算法，可以帮助用户发现网络中的群组和社区结构。此外，Gephi还提供了一组布局算法，用于在可视化时自动调整网络结构的位置，以便更好地展示网络的特征。 Gephi的可视化功能非常强大，可以

Gephi是一款开源免费跨平台基于JVM的复杂网络分析软件, 用于各种网络和复杂系统、动态和分层图的交互可视化与探测, 可广泛用作探索性数据分析、链接分析、社交网络分析和生物网络分析等。 需要先安装Java环境，再去下载安装Gephi 我试了试基础的操作比较简单，如果有写毕业论文的同志可以试一下这个还有Citespace，写文献综述放在里头好酷炫！当时我论文也有放但是做的很丑。 Geph

写在前面 拿到多组学的数据后一直在找合适的方法将二者进行关联，比如我这里是三种体液的代谢组与一种体液的宏基因组。需求是对多组学进行关联分析，直到最近看到不少文章里利用Gephi将相关性表格进行可视化的图，效果还不错，于是写个过程记录自用。这里演示的是属水平的差异菌群相对丰度（宏基因组结果）与代谢组鉴定到的差异代谢物进行关联。 主要分为两个部分： 先是计算相关性生成graphml格式文件使用G

#1 football数据集的文件格式 根据如图所示football数据集和的文件格式如下所示： 下图表示football数据集节点部分信息 下图表示football数据集边的部分信息 根据上述两个图中的格式对football数据集的格式介绍可以介绍为如下所示： Creator "Mark Newman on Sat Jul 22 05:32:16 2006"graph[node[id