引言 本文将向您展示如何利用MACS2软件，在单细胞ATAC-seq的基因组数据中识别基因调控区域的峰值。 实战 在使用Signac进行峰值检测之前，您需要先安装MACS2。您可以通过pip或conda安装它，或者从源代码自行编译。 本次演示以人类外周血单核细胞的单细胞ATAC-seq数据为例。首先，请加载必要的软件包和预先处理过的Seurat数据对象。 library(Signac)libra

SCALE全称是Single-Cell ATAC-seq analysis vie Latent feature Extraction, 从名字中就能知道这个软件是通过隐特征提取的方式分析单细胞ATAC-seq数据。 在文章中，作者从开发者的角度列出了目前的scATAC-seq分析软件，chromVAR, scABC, cisTopic, scVI，发现每个软件都有一定的不足之处，而从我们软件使

引言 本文[1]将介绍如何利用Signac和Seurat这两个工具，对一个同时记录了DNA可接触性和基因表达的单细胞数据集进行综合分析。我们将以一个公开的10x Genomics Multiome数据集为例，该数据集针对的是人体的外周血单核细胞。 数据准备 library(Signac)library(Seurat)library(EnsDb.Hsapiens.v86)library(BSgen

引言 在本教程中，我们将探讨由10x Genomics公司提供的成年小鼠大脑细胞的单细胞ATAC-seq数据集。本教程中使用的所有相关文件均可在10x Genomics官方网站上获取。 本教程复现了之前在人类外周血单核细胞（PBMC）的Signac入门教程中执行的命令。我们通过在不同的系统上进行相同的分析，来展示其性能以及对不同组织类型的适用性，并提供了一个来自不同物种的示例。 创建基因活动矩阵

引言 在本教程中，我们将探讨由10x Genomics公司提供的成年小鼠大脑细胞的单细胞ATAC-seq数据集。本教程中使用的所有相关文件均可在10x Genomics官方网站上获取。 本教程复现了之前在人类外周血单核细胞（PBMC）的Signac入门教程中执行的命令。我们通过在不同的系统上进行相同的分析，来展示其性能以及对不同组织类型的适用性，并提供了一个来自不同物种的示例。 实战 首先，我们