python使用nibabel和sitk读取保存nii.gz文件

2024-05-14 00:08

本文主要是介绍python使用nibabel和sitk读取保存nii.gz文件,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

nii.gz格式是医学图像常用的压缩格式,python中可用nibabel和sitk来读取保存。

使用nibabel

由于使用nibabel图像会旋转90度,所以读取保存的时候还得保存映射信息,3维图像格式为(z, x, y)

读取nii.gz文件

img = nib.load('xxxxx.nii.gz')
img_affine  = img.affine
img = img.get_data()

保存nii.gz文件

nib.Nifti1Image(img,img_affine).to_filename('xxxxx.nii.gz')

使用sitk

使用sitk读取nii时,读取出来的还是图片格式,可以使用他自带的函数进行处理,不过速度比较慢,建议使用GetArrayFromImage转换成numpy格式再处理,3维图像格式为(x, y, z)

读取nii.gz文件

img = sitk.ReadImage('xxxxx.nii.gz')
img = sitk.GetArrayFromImage(img)

保存nii.gz文件

out = sitk.GetImageFromArray(img)
sitk.WriteImage(out,'xxxxx.nii.gz')

在numpy数组和nibabel或sitk中相互转换时,要注意数据的格式,一般保存为int或uint类型。比如输入nii为16位有符号整型时,我们可能需要转换成0~255灰度图,可用如下代码:

img = sitk.ReadImage('xxxxx.nii.gz')
img = sitk.Cast(sitk.RescaleIntensity(img),sitk.sitkUInt8)
img = sitk.GetArrayFromImage(img)

这篇关于python使用nibabel和sitk读取保存nii.gz文件的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/987193

相关文章

C++使用栈实现括号匹配的代码详解

《C++使用栈实现括号匹配的代码详解》在编程中,括号匹配是一个常见问题,尤其是在处理数学表达式、编译器解析等任务时,栈是一种非常适合处理此类问题的数据结构,能够精确地管理括号的匹配问题,本文将通过C+... 目录引言问题描述代码讲解代码解析栈的状态表示测试总结引言在编程中,括号匹配是一个常见问题,尤其是在

Python调用Orator ORM进行数据库操作

《Python调用OratorORM进行数据库操作》OratorORM是一个功能丰富且灵活的PythonORM库,旨在简化数据库操作,它支持多种数据库并提供了简洁且直观的API,下面我们就... 目录Orator ORM 主要特点安装使用示例总结Orator ORM 是一个功能丰富且灵活的 python O

Java中String字符串使用避坑指南

《Java中String字符串使用避坑指南》Java中的String字符串是我们日常编程中用得最多的类之一,看似简单的String使用,却隐藏着不少“坑”,如果不注意,可能会导致性能问题、意外的错误容... 目录8个避坑点如下:1. 字符串的不可变性:每次修改都创建新对象2. 使用 == 比较字符串,陷阱满

Python使用国内镜像加速pip安装的方法讲解

《Python使用国内镜像加速pip安装的方法讲解》在Python开发中,pip是一个非常重要的工具,用于安装和管理Python的第三方库,然而,在国内使用pip安装依赖时,往往会因为网络问题而导致速... 目录一、pip 工具简介1. 什么是 pip?2. 什么是 -i 参数?二、国内镜像源的选择三、如何

使用C++实现链表元素的反转

《使用C++实现链表元素的反转》反转链表是链表操作中一个经典的问题,也是面试中常见的考题,本文将从思路到实现一步步地讲解如何实现链表的反转,帮助初学者理解这一操作,我们将使用C++代码演示具体实现,同... 目录问题定义思路分析代码实现带头节点的链表代码讲解其他实现方式时间和空间复杂度分析总结问题定义给定

Linux使用nload监控网络流量的方法

《Linux使用nload监控网络流量的方法》Linux中的nload命令是一个用于实时监控网络流量的工具,它提供了传入和传出流量的可视化表示,帮助用户一目了然地了解网络活动,本文给大家介绍了Linu... 目录简介安装示例用法基础用法指定网络接口限制显示特定流量类型指定刷新率设置流量速率的显示单位监控多个

JavaScript中的reduce方法执行过程、使用场景及进阶用法

《JavaScript中的reduce方法执行过程、使用场景及进阶用法》:本文主要介绍JavaScript中的reduce方法执行过程、使用场景及进阶用法的相关资料,reduce是JavaScri... 目录1. 什么是reduce2. reduce语法2.1 语法2.2 参数说明3. reduce执行过程

C#中读取XML文件的四种常用方法

《C#中读取XML文件的四种常用方法》Xml是Internet环境中跨平台的,依赖于内容的技术,是当前处理结构化文档信息的有力工具,下面我们就来看看C#中读取XML文件的方法都有哪些吧... 目录XML简介格式C#读取XML文件方法使用XmlDocument使用XmlTextReader/XmlTextWr

如何使用Java实现请求deepseek

《如何使用Java实现请求deepseek》这篇文章主要为大家详细介绍了如何使用Java实现请求deepseek功能,文中的示例代码讲解详细,感兴趣的小伙伴可以跟随小编一起学习一下... 目录1.deepseek的api创建2.Java实现请求deepseek2.1 pom文件2.2 json转化文件2.2

python使用fastapi实现多语言国际化的操作指南

《python使用fastapi实现多语言国际化的操作指南》本文介绍了使用Python和FastAPI实现多语言国际化的操作指南,包括多语言架构技术栈、翻译管理、前端本地化、语言切换机制以及常见陷阱和... 目录多语言国际化实现指南项目多语言架构技术栈目录结构翻译工作流1. 翻译数据存储2. 翻译生成脚本