本文主要是介绍CONN | Preprocessing fMRI data，希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！
碎碎念：跟我读，CONN的理念是——“一条路走到黑”~~~
CONN是一款基于Matlab的fMRI处理工具，最早是为任务态数据处而开发的，不过分析静息态也很方便啦~~
目录
准备工作
预处理-SETUP环节
BASIC
Structural
Functional
Preprocessing
图像质量检查
准备工作
1. 下载CONN包，将包所在路径添加到Matlab的工作路径当中，命令窗口输入conn
***下载地址 & 使用手册指路👇
CONN toolbox (conn-toolbox.org)
https://web.conn-toolbox.org/home
2. 在跳出的GUI界面可看到OPEN/NEW，选择NEW新建项目
***正式开始之前，建议按照被试、序列将原始数据整理成下面这个文件结构👇
预处理-SETUP环节
新建项目后就可以看到CONN的工作面板啦，预处理只用到SETUP环节。CONN界面有个奇异的特点是，好些功能直接看不到，只有鼠标移到附近才显示.............
BASIC
分别填入被试总数、采集次数、TR。静息态采集类型默认为连续采集。
***Sessions or runs：当实验设计为纵向（或配对设计），即存在被试多次采集MRI时，就需修改此项为被试的采集次数，不然就默认为1。
Structural
输入对应的结构相，CONN支持dcm/nii/mgz。
批量输入如下：
Functional
输入对应的BOLD数据。方法同上。
ROIs/Options/Condition/Covariate在预处理阶段都可以先不管~~~
Preprocessing
点击左下方的黄底黑字的Preprocessing键，出现以下界面，选择预处理步骤：
例：借助T1结构相的两步配准Pipeline，供参考
Add/Remove：添加/移除步骤
Move up/down：调整步骤顺序
Save/Load：保存/加载batch，方便其他项目直接加载~~~
设置好就可以点击右下角Start键，按照提示输入fMRI扫描顺序、平滑核(mm)、重采样分辨率(默认97th，95th显然会更加严格，视情况而定)、头动控制要求即可，一路OK到最后就开始预处理~~~没有报错就等待吧~
***CONN的头动控制算法采用的ART-based identification of outlier scan for scrubbing，给大家找了篇CONN文章的方法学部分看看这个算法是怎么处理头动的👇。可以看到，这种头动控制剔除的是异常的时间点，而不是按照3mm/3°的标准直接剔除头动过大的被试，自然优点是可以保留被试数量，缺点是控制不严格导致信噪比降低。因此，可先用其他软件包剔除头动过大的被试后再扔到CONN里完成后续计算。此外，ValidScan数目亦可以作为协变量加入后续分析，但当其数量过少（阈值好像可以划到180？在哪篇文章看到来着...）时，那这个被试就容不得了是不~~~~
图像质量检查
点击左下方的黄底黑字的QA plots，create reports -> create plots -> 下拉选择想检查的条目-> Continue -> 就阔以啦~
***Denoise前一定要检查数据质量（尤其是配准 & 头动），血泪教训......
这篇关于CONN | Preprocessing fMRI data的文章就介绍到这儿，希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助！
