使用WDL执行GATK HaplotypeCaller教程

本文主要是介绍使用WDL执行GATK HaplotypeCaller教程，希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！

Introduction

这里的workflow叫做helloHaplotypeCaller；包含一个单任务即是GATK’s HaplotypeCaller。这个task输入一个file inputBAM,输入一个file rawVCF。

• Workflow
  在workflow里，我们会执行task并指定task的执行顺序。
  
workflow helloHaplotypeCaller {
call haplotypeCaller
}

• Task
  例子，比如像GATK RefFasta, sampleName, inputBAM是核心输入。同时GATK会自动寻找支持文件如an index & dictionary for the reference, and an index for the bam：
  
task haplotypeCaller {
File GATK
File RefFasta
File RefIndex
File RefDict
String sampleName
File inputBAM
File bamIndex
command {
java -jar ${GATK} \
-T HaplotypeCaller \
-R ${RefFasta} \
-I ${inputBAM} \
-o ${sampleName}.raw.indels.snps.vcf
}
output {
File rawVCF = "${sampleName}.raw.indels.snps.vcf"
}
}

• Running the pipeline
  先生成input文件：
  
java -jar wdltool.jar inputs helloHaplotypeCaller.wdl > helloHaplotypeCaller_inputs.json

  在input文件填写具体信息，比如：
  
"workflow.task.variable" : "Type"

  改为

"helloHaplotypeCaller.haplotypeCaller.RefFasta" : ".../helloHaplotypeCallerBundle/ref/human_g1k_b37_20.fasta"

执行运行：

java -jar cromwell.jar run helloHaplotypeCaller.wdl -i helloHaplotypeCaller_inputs.json

参考

这篇关于使用WDL执行GATK HaplotypeCaller教程的文章就介绍到这儿，希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助！

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