Introduction 这里的workflow叫做helloHaplotypeCaller；包含一个单任务即是GATK’s HaplotypeCaller。这个task输入一个file inputBAM,输入一个file rawVCF。 Workflow 在workflow里，我们会执行task并指定task的执行顺序。 workflow helloHaplotypeCaller {

WDL （一个workflow description language）+ Cromwell（an execution engine that can run WDL scripts）是目前可以更好使用GATK的一套工具。这里学习wdl的快速入门教程。 我这里使用sublime text3，因此设置新的wdl对应的高亮。根据package control 下载package control包。