建立分析目录 #拷贝数据到分析目录 cp /mnt/h/data/nuodaodataRENCEL/zuoborequest/*fq.gz ./ #质量检测 ls *fq.gz | xargs fastqc -t 20 -o fastqc_row/ multiqc fastqc_row/ #制作含有样本名称的文本  ls *_1.fq.gz >1  ls *_2.fq.gz >2 paste

Introduction 这里的workflow叫做helloHaplotypeCaller；包含一个单任务即是GATK’s HaplotypeCaller。这个task输入一个file inputBAM,输入一个file rawVCF。 Workflow 在workflow里，我们会执行task并指定task的执行顺序。 workflow helloHaplotypeCaller {