20171030 - 7.00x - Week 2

本文主要是介绍20171030 - 7.00x - Week 2，希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！

7.00x - Introduction to Biology

进度：Week 2

一、课堂内容（从简，时间：4小时30分，含课堂练习）

Lecture 3 蛋白质和蛋白结构（Protein Structure）

1. 蛋白质一级结构（Primary Structure）
   
   • 氨基酸（Amino Acid）
   • 20种氨基酸分类
     
     • 极性键、不带电：Serine，Threonine，Asparagine，Glutamine
     • 极性键、带负电：Aspartic Acid，Glutamic Acid
     • 极性键、带正电：Lysine，Arginine，Histidine
     • 疏水：Alanine，Valine，Methionine，Leucine，Isoleucine，Phenylalanine
     • 特殊：Glycine，Cysteine，Proline
   • 蛋白质的折叠（Protein Folding）是未解决的问题
2. 蛋白质二级结构（Secondary Structure）
   
   • α螺旋（alpha-helix）
   • β折叠（beta-sheet）
   • 随机螺旋（random coil）
3. 蛋白质三、四级结构（Tertiary、Quaternary）
   
   • 糖化血红蛋白（hemoglobin）

Lecture 4 酶和其他分子机器（Enzyme and Other Amazing Machines）

1. 设计通道蛋白质（design a channel protein）
   
   • 外膜蛋白F（outer membrane protein F, ompF）
2. 酶：TIM（磷酸丙糖异构酶，Triosephosphate Isomerase）
   
   • 不改变energetic favorbility，改变activation barrier
   • 稳定变换状态（stablize transition state）、防止其他反应(prevent a side reaction)
   • TIM帮助G3P变成DHAP
   • TIM如何起作用
3. 流感病毒如何入侵细胞

Lecture 5 生物化学的路径（Biochemistry Pathways）

1. 路径的能量（energetics of pathways）
   
   • $A \rightarrow B$，$\Delta G = \Delta G^{0\prime} + RT\ln{\cfrac{[B]}{[A]}}$
   • $\Delta G < 0$，倾向于向前（forward favorable）
   • $\Delta G > 0$，则相反
2. 路径的技巧（logical tricks of pathways）
   
   • 直接配对（directly coupled）：$A \rightarrow B, \Delta G > 0$；$C \rightarrow D, \Delta G \ll 0$；合起来$A+C \rightarrow B+D, \Delta G < 0$
   • 间接配对（indirectly coupled）：$A \rightarrow B, \Delta G > 0$；$B \rightarrow C, \Delta G \ll 0$
3. 分解糖（Glycolysis：break sugars）
   
   • 无氧，得2个ATP
4. 路径的控制（regulation of pathways）
   
   • 异位调节（allosteric regulation）：蛋白质改变形状从而改变作用
   • 反馈抑制（feedback inhibition）：产物调节酶的活性
5. 呼吸作用（cellular respiration）
   
   • 有氧分解糖，得36个ATP

Lab Videos 补课

1. 如何纯化绿色荧光蛋白（GFP）
2. 如何纯化Β-半乳糖苷酶（Beta-galactosidase）
3. 介绍X射线晶体学（X-ray crystallography）

二、课堂练习

• 共18个练习，首次正确比例为13/18。内容都是课上讲过的。

三、课堂小考，中期考，期末考

暂无

四、课后阅读，练习（2小时25分）

• 共19个练习，首次正确比例约为17/19。

五、总结

• 有难度，也挺有趣。

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