MedSAM in 3D Slicer: 分割一切医学图像

本文主要是介绍MedSAM in 3D Slicer: 分割一切医学图像，希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！

这是 MedSAM 的官方 3D Slicer 插件存储库，可用于在医学图像中分割任何物体。

什么是MedSAM:点击查看这篇文章
SCI 1区论文：Segment anything in medical images

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您可以在此处观看安装步骤的视频教程（中英文）：
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安装步骤

从其官方网站安装3D Slicer 网站链接。我们的插件兼容性已经通过 3D Slicer >= 5.4.0 进行了测试。
从 MedSAMSlicer 发行页下载特定版本的插件并提取到所需位置。
在 Slicer 应用程序中，选择顶部工具栏中的Welcome to Slicer下拉菜单，然后转到Developer Tools > Extension Wizard。
单击 select Extension，然后在第2步中提取的文件和目录中找到“MedSAM”文件夹。如果要求添加新模块，请接受。
现在，在Welcome to Slicer下拉菜单下，Segmentation 子菜单下，会添加“MedSAMLite”选项。通过选择它，您可以进入最后的步骤。
Choose a folder以安装模块依赖项，然后单击“安装依赖项”。这可能需要几分钟时间。
重新启动 3D Slicer。

**如果您安装的版本低于 v0.02：**请从第2步和第6步中删除所有现有文件，然后按照之前的说明安装新版本。

**如果您安装的版本高于 v0.02：**在模块界面顶部使用“升级模块”按钮检查并安装新的更新。

在 Welcome to Slicer 下拉菜单中的 Segmentation 子菜单中，增加了 MedSAMLite 选项。选择该选项，即可进入最终步骤。
加载您的图像文件。
在 Prepare Data 折叠菜单中，您可以选择预设的预处理方法（可选，但极其有用）。
在 Select the Region of Interest 折叠菜单中，您可以单击 Attach ROI 来选择进行分割的区域。
在 Start Segmentation 折叠菜单中，单击 Send Image 按钮。它将把整个三维图像发送到模块的后端进行处理。这将需要几分钟时间。每个图像只需要进行一次此步骤。只要图像没有更改（新的预处理/裁剪/等），您就不需要重新进行此步骤。
Windows 用户请注意。在此步骤中，防火墙可能会停止后端并要求权限。授予权限。在某些情况下，您可能需要重新启动计算机以更新权限。
单击 Segmentation 按钮以获取分割结果。您可以多次替换您的 ROI，或删除并重新附加它（步骤 4），而无需重新执行步骤 5 就可以重复执行步骤 6。
在同一部分中，从 Segmentation 和 Source volume 下拉菜单中选择正确的分割组，并手动调整分割结果。您还可以为每个分割掩模分配不同的颜色。