R语言【taxa】——df_ref()：有效的 分类信息数据库

2024-01-24 23:44
文章标签 语言 分类 数据库 有效 信息 df ref taxa

本文主要是介绍R语言【taxa】——df_ref()：有效的 分类信息数据库，希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！

Package taxa version 0.4.2

Description

        定义可以被 taxon_db 对象使用或使用 taxon_db 对象的有效分类数据库，例如 taxon_id 和 taxon。

        使用 db_ref$get 查看数据库的详细信息。

        用户可以使用 db_ref$set 创建自定义的数据库，并添加到数据库列表中。

        每个数据库都必须包含下列信息：

  • 数据库对应的网站的URL
  • 一段简短的描述
  • 定义有效的类群ID的正则表达式
  • 数据库中有效的分类等级

Usage

db_ref

Format

一个长度为3的列表对象。

Attribution

此代码基于knitr包中的代码处理选项。

Examples

查看所有的数据库定义：

db_ref$get()
<taxon_db_def[8]>_____________________ ncbi ______________________url:         http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomydesc:        NCBI Taxonomy Database              id_regex:    [0-9]+                              rank_levels:                                     _____________________________ gbif _____________________________url:         http://www.gbif.org/developer/species              desc:        GBIF Taxonomic Backbone                            id_regex:    [0-9]+                                             rank_levels: kingdom < phylum < order < family < genus < species_____________________________________ bold _____________________________________url:         http://www.boldsystems.org                                         desc:        Barcode of Life                                                    id_regex:    [0-9]+                                                             rank_levels: phylum < class < order < family < subfamily < genus < species < su…___________________ col ___________________url:         http://www.catalogueoflife.orgdesc:        Catalogue of Life             id_regex:    [a-z0-9]{32}                  rank_levels:                               ______________ eol ______________url:         http://eol.org      desc:        Encyclopedia of Lifeid_regex:    [0-9]+              rank_levels:                     ____________________ nbn ____________________url:         https://nbn.org.uk              desc:        UK National Biodiversity Networkid_regex:    [A-Z]{5}[0-9]{10}               rank_levels:                                 ________________ tps ________________url:         http://www.tropicos.org/desc:        Tropicos                id_regex:    [0-9]+                  rank_levels:                         _______________________ itis _______________________url:         http://www.itis.gov                    desc:        Integrated Taxonomic Information Systemid_regex:    [0-9]+                                 rank_levels:

自定义数据库：

db_ref$set(name = "my_new_database",url = "http://www.my_tax_database.com",desc = "I just made this up",id_regex = ".*"
)db_ref$get()
<taxon_db_def[9]>_____________________ ncbi ______________________url:         http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomydesc:        NCBI Taxonomy Database              id_regex:    [0-9]+                              rank_levels:                                     _____________________________ gbif _____________________________url:         http://www.gbif.org/developer/species              desc:        GBIF Taxonomic Backbone                            id_regex:    [0-9]+                                             rank_levels: kingdom < phylum < order < family < genus < species________________________________________ bold _________________________________________url:         http://www.boldsystems.org                                                desc:        Barcode of Life                                                           id_regex:    [0-9]+                                                                    rank_levels: phylum < class < order < family < subfamily < genus < species < subspecies___________________ col ___________________    ______________ eol ______________url:         http://www.catalogueoflife.org    url:         http://eol.org      desc:        Catalogue of Life                 desc:        Encyclopedia of Lifeid_regex:    [a-z0-9]{32}                      id_regex:    [0-9]+              rank_levels:                                   rank_levels:                     ____________________ nbn ____________________    ________________ tps ________________url:         https://nbn.org.uk                  url:         http://www.tropicos.org/desc:        UK National Biodiversity Network    desc:        Tropicos                id_regex:    [A-Z]{5}[0-9]{10}                   id_regex:    [0-9]+                  rank_levels:                                     rank_levels:                         _______________________ itis _______________________    _____________ my_new_database _____________url:         http://www.itis.gov                        url:         http://www.my_tax_database.comdesc:        Integrated Taxonomic Information System    desc:        I just made this up           id_regex:    [0-9]+                                     id_regex:    .*                            rank_levels:                                            rank_levels:

恢复默认设置：

db_ref$reset()db_ref$get()
<taxon_db_def[8]>_____________________ ncbi ______________________url:         http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomydesc:        NCBI Taxonomy Database              id_regex:    [0-9]+                              rank_levels:                                     _____________________________ gbif _____________________________url:         http://www.gbif.org/developer/species              desc:        GBIF Taxonomic Backbone                            id_regex:    [0-9]+                                             rank_levels: kingdom < phylum < order < family < genus < species________________________________________ bold _________________________________________url:         http://www.boldsystems.org                                                desc:        Barcode of Life                                                           id_regex:    [0-9]+                                                                    rank_levels: phylum < class < order < family < subfamily < genus < species < subspecies___________________ col ___________________    ______________ eol ______________url:         http://www.catalogueoflife.org    url:         http://eol.org      desc:        Catalogue of Life                 desc:        Encyclopedia of Lifeid_regex:    [a-z0-9]{32}                      id_regex:    [0-9]+              rank_levels:                                   rank_levels:                     ____________________ nbn ____________________    ________________ tps ________________url:         https://nbn.org.uk                  url:         http://www.tropicos.org/desc:        UK National Biodiversity Network    desc:        Tropicos                id_regex:    [A-Z]{5}[0-9]{10}                   id_regex:    [0-9]+                  rank_levels:                                     rank_levels:                         _______________________ itis _______________________url:         http://www.itis.gov                    desc:        Integrated Taxonomic Information Systemid_regex:    [0-9]+                                 rank_levels:

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http://www.chinasem.cn/article/641409。

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