CGM第343期：植物微生物组专题研讨(2)夏雨/文涛/王亚玉/庞志强(今晚7点)

CGM将于北京时间 5 月 10 日星期三7:00 PM举办在线沙龙活动。本期活动，我们联合Ad植物微生物公众号和iMeta期刊设置“植物微生物组”专题研讨，并就主题“宏基因组测序、分析及其与植物学研究的交叉”（更多主题见文末）邀请到南方科技大学夏雨博士带来“宏基因组测序与分析ONT-based Metagenomic Study on High-altitude Permafrost Microbiome”的分享，并邀请到文涛博士（南京农业大学）和王亚玉博士（深圳华大生命科学研究院）作为特邀嘉宾参与沙龙活动，敬请期待！

会议时间：2023年 5 月 10 日 19:00

腾讯会议：851-8228-1704（限300人，结束后半小时B站账号CGMonline可收看回放）

嘉宾简介

夏雨，香港大学水资源与环境工程博士。现任南方科技大学，环境科学与工程学院副研究员，博士生导师。环境微生物与生态基因组学实验室负责人（XYLab）。研究兴趣集中于：结合BONCAT, Single-cell sorting等先进分子生物学手段、以Nanopore测序为代表的单分子高通量测序技术以及生物信息学大数据分析，解密生物处理反应器、极端自然系统及洁净室内环境中微生物群系的群落构建原理、功能调控机制以及关键基因（耐药基因）转移规律。近五年来在Environmental Science & Technology, Water Research ，The ISME Journal等顶级期刊发表论文50余篇，总引用次数3000余次（Google Scholar）,作为第一发明人申请发明专利2项。现任Frontiers in Environmental Science (SCI impact factor: 4.24)  副主编，iMeta 执行副主编，中国工程院院刊Engineering (SCI impact factor 12.834)编委。担任国自然面上项目、青年项目、科技部重点研发计划课题负责人。应邀在国际会议担任分会主席1次，大会报告1次。曾担任南方科技大学教授委员会环境科学与工程学院代表委员，美国微生物协会香港地区青年大使。

研究方向：环境微生物与生态基因组学

内容摘要

This talk will cover two works applying nanopore technology on microbiome study. In the first one, we applied on-site MinION sequencing on the microbiome of high-altitude permafrost in Qilian Mountain (4000m altitude) China. ONT-based long-read metagenomics enabled an effective alternative to NGS-assembly and binning in revealing the ecological function of important microbial populations at genome-level resolution. A Frame-shift correction based ONT reads annotation tool FUNpore was developed. The post-correction long-reads showed encouraging precision and recall in functional prediction. Compared to frozen permafrost soil, methane release from thawed permafrost seems of less concern as very active aerobic methane oxidation by Methylomonas was observed in the topsoil and methane generation cannot be detected in batch tests with elevated temperature. While in the second part, we had established a protocol, MetaRUpore, to apply nanopore selective sequencing to enrich rare species from an anaerobic digester. It successfully redirected the sequencing throughput from high-abundance populations to rare species while facilitating the recovery of 41 non-fragment near-complete metagenome-assembled genomes (MAGs) at low sequencing effort. The simplicity and robustness of the approach make it accessible for labs with moderate computational resources and hold the potential to become the standard practice in future metagenomic sequencing of complicated microbiomes.

关键词：metagenomics, nanopore sequencing, microbial ecology, permafrosnt, selective sequencing

参考文献：

1. Chenyuan Dang, Ziqi Wu, Miao Zhang, Xiang Li, Yuqin Sun, Ren’an Wu, Yan Zheng, and Yu Xia*. “Microorganisms as Bio-Filters to Mitigate Greenhouse Gas Emissions from High-Altitude Permafrost Revealed by Nanopore-Based Metagenomics.” iMeta 1, no. 2 (2022): e24. https://doi.org/10.1002/imt2.24.

2. Yuhong Sun, Zhanwen Cheng, Xiang Li, Qing Yang, Bixi Zhao, Ziqi Wu, and Yu Xia*. “Genome Enrichment of Rare and Unknown Species from Complicated Microbiome by Nanopore Selective Sequencing.” Genome Research 33, no. 4 (2023): gr-277266.

3. Yu Xia*, Xiang Li, Ziqi Wu, Cailong Nie, Zhanwen Cheng, Yuhong Sun, Lei Liu, and Tong Zhang. “Strategies and Tools in Illumina and Nanopore-Integrated Metagenomic Analysis of Microbiome Data.” iMeta 2, no. 1 (2023): e72. https://doi.org/10.1002/imt2.72.

特邀嘉宾：文涛

文涛，南京农业大学钟山青年研究员，iMeta期刊青年编委，“微生信生物”公众号创始人。研究方向为根际微生物生态，擅长使用多组学解析土壤微生物群落过程，开发了ggClusterNet, EasyStat等R包, Easyamplicon、Easymetabolome等组学分析流程。以第一作者在Protein & Cell，ISME J，Microbiome，Fundamental Research，New Phytologist，iMeta，Horticulture Research，SEL（封面），BMC plant biology等期刊发表论文10余篇研究论文。

研究方向：（1）植物和微生物互作在抗病过程中的作用；（2）环境微生物大数据整合研究；（3）环境代谢组及其与微生物过程研究体系开发和应用。 

特邀嘉宾：王亚玉

王亚玉，深圳华大生命科学研究院农业研究中心微生物专项负责人。博士毕业于丹麦科技大学生物工程专业。2009年加入华大基因，主要开展植物微生物组的结构组成、环境适应性及其与宿主生长、产量、品质以及抗病表型的相关性研究，鉴定植物生长所需的有益微生物类群，阐述植物宿主与根系微生物之间的互作机理，建立微生物辅助作物健康，高效生长以及高产的可控模型，促使作物生产最大化。目前已发表17篇SCI文章，其中第一或通讯作者文章8篇。

研究方向：植物与微生物组互作

专题负责与主持人：庞志强

庞志强，中国科学院西双版纳热带植物园博士生（拟入站博士后研究人员），研究兴趣是植物-功能微生物组及其稳态维持机制，关注逆境胁迫下的植物微生物组功能与环境适应性。以第一作者在Microbiome等期刊发表学术论文9篇，其中SCI论文5篇（高被引论文1篇），专利2项，主持科研项目2项，担任iMeta期刊青年编委。

研究方向：植物-功能微生物组互作、根际微生物稳态维持

系列专题如下(如您有更多兴趣专题与栏目建设请与微生物组专题负责人庞志强取得联系：pangzhiqiang@xtbg.ac.cn)

1 GWAS与植物微生物组

2 植物微生物组稳态维持

3 作物驯化与微生物组

4 植物表型可塑化与微生物组

5 植物功能（抗逆）微生物组

6 宏基因组在植物学中的研究

7 植物根际生物互作

8 植物微生物组培养与合成菌群

参加方式

北京时间: 2023 年 5 月 10 日（星期三）8：00 PM

美中时间: 2023 年 5 月 10 日（星期三）7：00 AM

参与平台：腾讯会议及Youbube直播（关注：CGMonline）

加入腾讯会议：https://meeting.tencent.com/dm/CkmP1ocpqAR1

腾讯会议ID：851-8228-1704

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