如何在分类器的基础上进行cox回归?(python)

2023-12-09 04:04

本文主要是介绍如何在分类器的基础上进行cox回归?(python),希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

Cox回归是一种半参数模型,它基于一个称为Cox比例风险假设的假设,该假设认为不同个体之间的风险比例保持不变。换句话说,Cox回归假设风险因素对事件发生的影响是乘法关系,而不是加法关系。

在Python中,可以使用lifelines库来进行Cox回归分析。lifelines是一个用于生存分析的Python库,提供了许多统计方法和工具,包括Cox回归。

首先,你需要安装lifelines库。可以使用以下命令在Python中安装它:

pip install lifelines

以随机森林为例,使用随机森林进行Cox回归可以通过以下步骤完成:

导入所需的库:

import numpy as np  import pandas as pd  from lifelines import CoxPHFitter  fromsklearn.ensembleimportRandomForestRegressorfromsklearn.model_selectionimporttrain_test_split

准备数据集。将需要用于Cox回归的特征和目标变量整理为一个数据集。

将数据集分为训练集和测试集:

 X_train,X_test,y_train,y_test=train_test_split(X,y,test_size=0.2, random_state=42) 

这里将数据集分为80%的训练集和20%的测试集。

使用随机森林进行特征选择。可以使用随机森林回归模型来计算特征的重要性得分,并选择具有较高重要性的特征:

rf = RandomForestRegressor()  rf.fit(X_train, y_train)  feature_importances = rf.feature_importances_ 

这里使用随机森林回归模型拟合训练集,并获取特征的重要性得分。

根据特征重要性选择相关特征。可以根据设定的阈值选择重要性得分高于阈值的特征:

selected_features=X.columns[feature_importances > threshold]  X_train_selected = X_train[selected_features]  X_test_selected = X_test[selected_features]  

这里选择重要性得分高于阈值的特征,并提取相应的训练集和测试集。

使用Cox回归模型进行拟合和预测:

cph = CoxPHFitter()  cph.fit(X_train_selected, y_train)  survival_predictions=cph.predict_survival_function(X_test_selected)

这里使用CoxPHFitter类来拟合Cox回归模型,并使用训练集进行拟合。然后,使用拟合的模型对测试集进行预测,得到生存概率的预测值。

请注意,上述代码中的变量和数据集名称可能需要根据实际情况进行调整。另外关于lifeline进行生存分析的更多细节可以参考 文档(https://lifelines.readthedocs.io/en/latest/Quickstart.html)

这篇关于如何在分类器的基础上进行cox回归?(python)的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/472409

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