如何向NCBI的SRA上传数据

2023-11-21 14:40
文章标签 数据 上传 ncbi sra

本文主要是介绍如何向NCBI的SRA上传数据,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

首先访问SRA的提交界面,https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/,在没有登陆NCBI时,网页内容如下所示

2013053-8ae182f19b246691.png
未登录时

点击Log in, 会进入一个新的网页用于登陆或者创建新的NCBI账户。

2013053-2cfee2bff63c33f5.png
登陆NCBI

在创建完账号或者登陆之后,返回之前的SRA上传页面,界面就变成了如下。

2013053-c531c7173a558bda.png
登陆后

他提示了有三种方法可以递交:

  • Aspera浏览器插件
  • Aspera命令行和FTP上传
  • Amzon S3方式

个人比较喜欢用Aspera命令行的方式(FTP对于国内用户或许有点慢)

在Apeara命令和FPT上传选项中点击如下的蓝色小按钮

2013053-12445da8ef63f7bd.png
预上传文件夹

点击之后,页面就会发生变化,跳出每个用户专门的预上传地址,还有专门的上传说明文字。

2013053-33746b7f18a19ff3.png
上传地址

有了地址之后,下一步就是安装Aspera, 在Aspera上选择合适的版本,我装的就是Linux版本。

wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.8.1/ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.tar.gz
tar xf ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.tar.gz
./ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.sh

安装的内容存放在~/.aspera/connect下。所使用到的命令如下

ascp -i <path/to/key_file> -QT -l100m -k1 -d <path/to/folder/containing files> subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/每个人都不同

<path/to/key_file>要点击上图中的Get the key file下载,然后上传到服务器上。
<path/to/folder/containing files> 是你需要上传的数据的本地路径。

或者你对你自己的FTP速度有足够自信的话,可以尝试用FTP上传,在FTP upload中找到地址、用户名和密码,以及要上传的目录,

2013053-0c88e7bdea212981.png
FTP upload

之后就随便找一个图形化的FTP工具上传即可,例如FileZilla

2013053-6e9ae2079d2919a9.png
FileZilla

所有数据上传之后,你可以点击页面的New submission创建一个新的上传任务。

然后就是一步一步的填写信息,将你预先上传的数据和你的项目进行关联。这里的SUBXXXX是临时的,完成上传后就自动无效,并且还可以反悔中途取消掉。

2013053-0501688340d6c14d.png
填写信息

这篇关于如何向NCBI的SRA上传数据的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/402989

相关文章

C#提取PDF表单数据的实现流程

《C#提取PDF表单数据的实现流程》PDF表单是一种常见的数据收集工具,广泛应用于调查问卷、业务合同等场景,凭借出色的跨平台兼容性和标准化特点,PDF表单在各行各业中得到了广泛应用,本文将探讨如何使用... 目录引言使用工具C# 提取多个PDF表单域的数据C# 提取特定PDF表单域的数据引言PDF表单是一

一文详解Python中数据清洗与处理的常用方法

《一文详解Python中数据清洗与处理的常用方法》在数据处理与分析过程中,缺失值、重复值、异常值等问题是常见的挑战,本文总结了多种数据清洗与处理方法,文中的示例代码简洁易懂,有需要的小伙伴可以参考下... 目录缺失值处理重复值处理异常值处理数据类型转换文本清洗数据分组统计数据分箱数据标准化在数据处理与分析过

大数据小内存排序问题如何巧妙解决

《大数据小内存排序问题如何巧妙解决》文章介绍了大数据小内存排序的三种方法:数据库排序、分治法和位图法,数据库排序简单但速度慢,对设备要求高;分治法高效但实现复杂;位图法可读性差,但存储空间受限... 目录三种方法:方法概要数据库排序(http://www.chinasem.cn对数据库设备要求较高)分治法(常

Python将大量遥感数据的值缩放指定倍数的方法(推荐)

《Python将大量遥感数据的值缩放指定倍数的方法(推荐)》本文介绍基于Python中的gdal模块,批量读取大量多波段遥感影像文件,分别对各波段数据加以数值处理,并将所得处理后数据保存为新的遥感影像... 本文介绍基于python中的gdal模块,批量读取大量多波段遥感影像文件,分别对各波段数据加以数值处

使用MongoDB进行数据存储的操作流程

《使用MongoDB进行数据存储的操作流程》在现代应用开发中,数据存储是一个至关重要的部分,随着数据量的增大和复杂性的增加,传统的关系型数据库有时难以应对高并发和大数据量的处理需求,MongoDB作为... 目录什么是MongoDB?MongoDB的优势使用MongoDB进行数据存储1. 安装MongoDB

Python MySQL如何通过Binlog获取变更记录恢复数据

《PythonMySQL如何通过Binlog获取变更记录恢复数据》本文介绍了如何使用Python和pymysqlreplication库通过MySQL的二进制日志(Binlog)获取数据库的变更记录... 目录python mysql通过Binlog获取变更记录恢复数据1.安装pymysqlreplicat

Linux使用dd命令来复制和转换数据的操作方法

《Linux使用dd命令来复制和转换数据的操作方法》Linux中的dd命令是一个功能强大的数据复制和转换实用程序,它以较低级别运行,通常用于创建可启动的USB驱动器、克隆磁盘和生成随机数据等任务,本文... 目录简介功能和能力语法常用选项示例用法基础用法创建可启动www.chinasem.cn的 USB 驱动

Oracle数据库使用 listagg去重删除重复数据的方法汇总

《Oracle数据库使用listagg去重删除重复数据的方法汇总》文章介绍了在Oracle数据库中使用LISTAGG和XMLAGG函数进行字符串聚合并去重的方法,包括去重聚合、使用XML解析和CLO... 目录案例表第一种:使用wm_concat() + distinct去重聚合第二种:使用listagg,

Python实现将实体类列表数据导出到Excel文件

《Python实现将实体类列表数据导出到Excel文件》在数据处理和报告生成中,将实体类的列表数据导出到Excel文件是一项常见任务,Python提供了多种库来实现这一目标,下面就来跟随小编一起学习一... 目录一、环境准备二、定义实体类三、创建实体类列表四、将实体类列表转换为DataFrame五、导出Da

Python实现数据清洗的18种方法

《Python实现数据清洗的18种方法》本文主要介绍了Python实现数据清洗的18种方法,文中通过示例代码介绍的非常详细,对大家的学习或者工作具有一定的参考学习价值,需要的朋友们下面随着小编来一起学... 目录1. 去除字符串两边空格2. 转换数据类型3. 大小写转换4. 移除列表中的重复元素5. 快速统