Anndata: AttributeError: ‘DataFrame’ object has no attribute ‘dtype’

2024-09-03 05:28

本文主要是介绍Anndata: AttributeError: ‘DataFrame’ object has no attribute ‘dtype’,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

Anndata: AttributeError: ‘DataFrame’ object has no attribute ‘dtype’

  • 背景
  • 解决方法

背景

在使用anndata做切片时,比如下面这样的例子

sub_rna = rna[:10] # rna is anndata

出现如下报错:

AttributeError: ‘DataFrame’ object has no attribute ‘dtype’

解决方法

常见的报错原因就是anndata中某些数据(属性)名字重复了,比如我这个anndata里,rna.var 里有两个"gene_id",只需要完全删掉重复的数据就行了,或者给这俩数据改个不同的名字,我这里因为留着也没啥用,所以直接都删掉了,代码如下:

del rna.var['gene_id']
rna

当然出现上述报错的不止这一种原因,我还碰见过一种原因是由于pandas版本的问题,这种的只需要更新下pandas就可以了

pip install --upgrade pandas

这篇关于Anndata: AttributeError: ‘DataFrame’ object has no attribute ‘dtype’的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/1132149

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