微生信神助力:在线绘制发表级主成分分析(PCA)图

2024-06-12 03:44

本文主要是介绍微生信神助力:在线绘制发表级主成分分析(PCA)图,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

主成分分析(Principal components analysisPCA)是一种线性降维方法。它利用正交变换对一系列可能相关的变量的观测值进行线性变换,从而投影为一系列线性不相关变量的值,这些不相关变量称为主成分(Principal Components)。PCA是一种对数据进行简化分析的技术,这种方法可以有效地找出数据中最主要的元素和结构,去除噪音和冗余,将原有的复杂数据降维,揭示隐藏在复杂数据背后的简单结构。

举个通俗易懂的例子:以学习成绩为例,每个同学有多门考试成绩(即分数),例如语文75、数学78、英语86等等。如果有10门课程,那么每个同学的成绩就有10个维度,10个维度对于我们了解这个同学的成绩来说,有点复杂。这时,我们可以用成绩好和成绩不好来表征这个同学的成绩,这就是“降维”。

PCA降维”的目的:

1)去冗余

例如微积分成绩和概率论的成绩一般是强相关,这样就可以将10个维度去掉1个维度)

2)发现异常值

例如某同学由于疫情被隔离了几天,缺了几门课的成绩,那么降维后就可以在2D图上找到该同学所代表的点,后续分析时可以考虑踢掉

3)保留原始信息

降维后新的主成分能够解释原数据,如果降维后可解释性降低,那么就不是好的降维

大多数情况下,降维是为聚类、分类服务的。降维后,我们就可以研究同学们的成绩情况,寻找隐藏在成绩背后的信息,例如,有几个学生成绩都很好,那么“他们住在同一个宿舍”就有可能是潜在变量。

降维的方法有很多种,常见的包括线性降维(PCAPLS),非线性降维(UMAPtSNE)等。降维后一般会进行2D,或者3D图的绘制,其中2D图最常见也最容易理解。一般我们绘制individuals散点图,也就是将看得见,摸得着的样本点(例如常规RNAseq结果中的15个样品或者单细胞测序中的成千上万个细胞等)绘制在X/Y轴坐标系中。

对主成分分析(Principal components analysisPCA)有了简单地解后,我们就可以用微生信网站进行发表级PCA绘图了。

1,打开绘图页面

微生信-在线绘制主成分分析图(Principal component analysis,PCA)

2,下载示例数据

这是最经典的鸾(音:yuān)尾花数据,该数据测量了三种鸢尾花(B列:Setosa鸢尾花、Versicolour鸢尾花和Virginica鸢尾花)的4个属性数据(C:花萼长度、D:花萼宽度、E:花瓣长度、F:花瓣宽度),每种花收集了50条样本记录,共计150条(A列:s1-s150)。

3,拷贝并粘贴示例数据

4,修改参数,并提交

图片大小颜色形状以及标注字体大小等都可以个性化定制,可满足不同的绘图需求。

5,提交出图

该图展示了150个样品在第一主成分(73%)和第二主成分(22.39%)的散点图,百分比表示可解释程度,即第一主成分可以解释数据属性的73%。将4维空间降维为2维空间后,可以较明显地看出这150个样本呈现为3群。

该模块调用了FactoMineRfactoextraR包。

没有预览就是没有出图,这时请参考示例数据,检查输入数据格式!

遇到文字截断,需要修改字体、调整字体大小等,使用inkscape软件进行操作

微生信助力高分文章,用户185000,谷歌学术3600篇

这篇关于微生信神助力:在线绘制发表级主成分分析(PCA)图的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/1053106

相关文章

Android实现在线预览office文档的示例详解

《Android实现在线预览office文档的示例详解》在移动端展示在线Office文档(如Word、Excel、PPT)是一项常见需求,这篇文章为大家重点介绍了两种方案的实现方法,希望对大家有一定的... 目录一、项目概述二、相关技术知识三、实现思路3.1 方案一:WebView + Office Onl

Java程序进程起来了但是不打印日志的原因分析

《Java程序进程起来了但是不打印日志的原因分析》:本文主要介绍Java程序进程起来了但是不打印日志的原因分析,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助,如有错误或未考虑完全的地方,望不吝赐教... 目录Java程序进程起来了但是不打印日志的原因1、日志配置问题2、日志文件权限问题3、日志文件路径问题4、程序

Java字符串操作技巧之语法、示例与应用场景分析

《Java字符串操作技巧之语法、示例与应用场景分析》在Java算法题和日常开发中,字符串处理是必备的核心技能,本文全面梳理Java中字符串的常用操作语法,结合代码示例、应用场景和避坑指南,可快速掌握字... 目录引言1. 基础操作1.1 创建字符串1.2 获取长度1.3 访问字符2. 字符串处理2.1 子字

JS+HTML实现在线图片水印添加工具

《JS+HTML实现在线图片水印添加工具》在社交媒体和内容创作日益频繁的今天,如何保护原创内容、展示品牌身份成了一个不得不面对的问题,本文将实现一个完全基于HTML+CSS构建的现代化图片水印在线工具... 目录概述功能亮点使用方法技术解析延伸思考运行效果项目源码下载总结概述在社交媒体和内容创作日益频繁的

Python 迭代器和生成器概念及场景分析

《Python迭代器和生成器概念及场景分析》yield是Python中实现惰性计算和协程的核心工具,结合send()、throw()、close()等方法,能够构建高效、灵活的数据流和控制流模型,这... 目录迭代器的介绍自定义迭代器省略的迭代器生产器的介绍yield的普通用法yield的高级用法yidle

C++ Sort函数使用场景分析

《C++Sort函数使用场景分析》sort函数是algorithm库下的一个函数,sort函数是不稳定的,即大小相同的元素在排序后相对顺序可能发生改变,如果某些场景需要保持相同元素间的相对顺序,可使... 目录C++ Sort函数详解一、sort函数调用的两种方式二、sort函数使用场景三、sort函数排序

kotlin中const 和val的区别及使用场景分析

《kotlin中const和val的区别及使用场景分析》在Kotlin中,const和val都是用来声明常量的,但它们的使用场景和功能有所不同,下面给大家介绍kotlin中const和val的区别,... 目录kotlin中const 和val的区别1. val:2. const:二 代码示例1 Java

Go标准库常见错误分析和解决办法

《Go标准库常见错误分析和解决办法》Go语言的标准库为开发者提供了丰富且高效的工具,涵盖了从网络编程到文件操作等各个方面,然而,标准库虽好,使用不当却可能适得其反,正所谓工欲善其事,必先利其器,本文将... 目录1. 使用了错误的time.Duration2. time.After导致的内存泄漏3. jsO

Spring事务中@Transactional注解不生效的原因分析与解决

《Spring事务中@Transactional注解不生效的原因分析与解决》在Spring框架中,@Transactional注解是管理数据库事务的核心方式,本文将深入分析事务自调用的底层原理,解释为... 目录1. 引言2. 事务自调用问题重现2.1 示例代码2.2 问题现象3. 为什么事务自调用会失效3

找不到Anaconda prompt终端的原因分析及解决方案

《找不到Anacondaprompt终端的原因分析及解决方案》因为anaconda还没有初始化,在安装anaconda的过程中,有一行是否要添加anaconda到菜单目录中,由于没有勾选,导致没有菜... 目录问题原因问http://www.chinasem.cn题解决安装了 Anaconda 却找不到 An