GWAS分析软件—— 一、Plink的安装

2024-06-02 12:38
文章标签 分析 安装 软件 plink gwas

本文主要是介绍GWAS分析软件—— 一、Plink的安装,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

PLINK is a free, open-source whole genome association analysis toolset, designed to perform a range of basic, large-scale analyses in a computationally efficient manner.

Plink是一个免费的,开源的全基因组关联分析的工具集,是设计用来在高效计算方式完成一系列基础的,大规模分析。

The focus of PLINK is purely on analysis of genotype/phenotype data, so there is no support for steps prior to this (e.g. study design and planning, generating genotype or CNV calls from raw data). Through integration withgPLINK and Haploview, there is some support for the subsequent visualization, annotation and storage of results.

Plink的关注点在于基因型/表型的数据分析,因此没有关于在这(运行plink)之前的步骤的帮助(例如研究方案的设计与计划,产生基因型或者从raw data中找出CNV)。通过gPLINK和Haploview软件覆盖,后期数据的可视化、注释和结果的储存还是有一些帮助与支持的。

可能翻译得不好,如有错误或者更好的理解建议,欢迎评论指正。


一、Plink的安装

1、下载Plink安装包或者源代码:
http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/download.shtml
2、 根据自己的环境进行安装。
        由于暂时没有服务器,暂时在windows下搭建。下载的plink是一个压缩包,解压到目录,为了方便我将安装目录添加到Path路径里。
3、测试运行。
二、使用方法:
例子: ./plink --ped test.ped --map test.map 
ped格式的文件格式见 http://note.youdao.com/share/?id=f7c2eec5815c0f0889d7a78e78942112&type=note

这篇关于GWAS分析软件—— 一、Plink的安装的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/1023997

相关文章

最详细安装 PostgreSQL方法及常见问题解决

《最详细安装PostgreSQL方法及常见问题解决》:本文主要介绍最详细安装PostgreSQL方法及常见问题解决,介绍了在Windows系统上安装PostgreSQL及Linux系统上安装Po... 目录一、在 Windows 系统上安装 PostgreSQL1. 下载 PostgreSQL 安装包2.

Maven如何手动安装依赖到本地仓库

《Maven如何手动安装依赖到本地仓库》:本文主要介绍Maven如何手动安装依赖到本地仓库问题,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助,如有错误或未考虑完全的地方,望不吝赐教... 目录一、下载依赖二、安装 JAR 文件到本地仓库三、验证安装四、在项目中使用该依赖1、注意事项2、额外提示总结一、下载依赖登

Java程序进程起来了但是不打印日志的原因分析

《Java程序进程起来了但是不打印日志的原因分析》:本文主要介绍Java程序进程起来了但是不打印日志的原因分析,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助,如有错误或未考虑完全的地方,望不吝赐教... 目录Java程序进程起来了但是不打印日志的原因1、日志配置问题2、日志文件权限问题3、日志文件路径问题4、程序

Java字符串操作技巧之语法、示例与应用场景分析

《Java字符串操作技巧之语法、示例与应用场景分析》在Java算法题和日常开发中,字符串处理是必备的核心技能,本文全面梳理Java中字符串的常用操作语法,结合代码示例、应用场景和避坑指南,可快速掌握字... 目录引言1. 基础操作1.1 创建字符串1.2 获取长度1.3 访问字符2. 字符串处理2.1 子字

如何在Mac上安装并配置JDK环境变量详细步骤

《如何在Mac上安装并配置JDK环境变量详细步骤》:本文主要介绍如何在Mac上安装并配置JDK环境变量详细步骤,包括下载JDK、安装JDK、配置环境变量、验证JDK配置以及可选地设置PowerSh... 目录步骤 1:下载JDK步骤 2:安装JDK步骤 3:配置环境变量1. 编辑~/.zshrc(对于zsh

如何在pycharm安装torch包

《如何在pycharm安装torch包》:本文主要介绍如何在pycharm安装torch包方式,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助,如有错误或未考虑完全的地方,望不吝赐教... 目录在pycharm安装torch包适http://www.chinasem.cn配于我电脑的指令为适用的torch包为总结在p

在PyCharm中安装PyTorch、torchvision和OpenCV详解

《在PyCharm中安装PyTorch、torchvision和OpenCV详解》:本文主要介绍在PyCharm中安装PyTorch、torchvision和OpenCV方式,具有很好的参考价值,... 目录PyCharm安装PyTorch、torchvision和OpenCV安装python安装PyTor

Python Transformer 库安装配置及使用方法

《PythonTransformer库安装配置及使用方法》HuggingFaceTransformers是自然语言处理(NLP)领域最流行的开源库之一,支持基于Transformer架构的预训练模... 目录python 中的 Transformer 库及使用方法一、库的概述二、安装与配置三、基础使用:Pi

Python 迭代器和生成器概念及场景分析

《Python迭代器和生成器概念及场景分析》yield是Python中实现惰性计算和协程的核心工具,结合send()、throw()、close()等方法,能够构建高效、灵活的数据流和控制流模型,这... 目录迭代器的介绍自定义迭代器省略的迭代器生产器的介绍yield的普通用法yield的高级用法yidle

C++ Sort函数使用场景分析

《C++Sort函数使用场景分析》sort函数是algorithm库下的一个函数,sort函数是不稳定的,即大小相同的元素在排序后相对顺序可能发生改变,如果某些场景需要保持相同元素间的相对顺序,可使... 目录C++ Sort函数详解一、sort函数调用的两种方式二、sort函数使用场景三、sort函数排序