PLINK is a free, open-source whole genome association analysis toolset, designed to perform a range of basic, large-scale analyses in a computationally efficient manner. Plink是一个免费的，开源的全基因组关联分析的工具集，

今天给大家分享一篇JCR一区，单细胞+bulk+MR的文章：An integrative analysis of single-cell and bulk transcriptome and bidirectional mendelian randomization analysis identified C1Q as a novel stimulated risk gene for Ather

发表期刊：npj Parkinson’s Disease 影响因子：8.7 测序方式：WGS 研究对象：人 1   研究背景 帕金森病（PD）是一种常见的与年龄相关的神经退行性疾病，其特征是运动迟缓、姿势不稳定、僵硬和静息性震颤。临床表现包括非运动症状，如认知功能障碍、自主神经功能障碍、睡眠障碍、抑郁和睡眠功能减退。在中国，到2030年，PD患者的人数预计将达到494万人，占

目录 遗传学知识 数量性状  分子标记（Molecular Marker） DNA分子标记的特点 QTL定位 QTL（quantitative trait locus） QTL定位的主要流程： 全基因组关联分析 GWAS(Genome-Wide Association Study，全基因组关联分析) GWAS的研究流程： 曼哈顿图和QQ-plot 知识补充 1.LOD值：

全基因组关联研究(GWAS)可以揭示重要的基因型-表型关联，但数据质量和可解释性问题必须得到解决。对于根据现有证据确定目标靶点的药物发现科学家来说，这些问题已不是单一的药物发现研究。作者开发的TIGA（Target Illumination GWAS Analytics）通过对全基因组关联研究(GWAS)中与性状相关的蛋白质编码基因进行评分和排序，促进药物靶点的发现。TIGA可以用相同的基因

import mathimport numpy as npimport pandas as pdfrom matplotlib import pyplot as pltfrom scipy.special import chdtrifrom collections import defaultdict%matplotlib inline 对于GWAS中power值（statisti

GCTA和GEMMA是GWAS分析中应用最广泛的两款软件，GCTA可以在​Windows电脑下运行，而GEMMA软件只有Linux和Mac系统，这里介绍一下如何在Linux系统中安装GEMMA软件。 ​ 1. GEMMA名字来源 GEMMA名称来源： G： Genome-wide E：Efficient MM：Mixed-model A：Association 2. GEMMA下载地址

利用PLINK对单基因控制的性状进行定位，之前一篇文章粗滤的记录了一下使用PLINK的命令，本次博客主要记录一下如何根据SNP芯片的数据制作PLINK的格式，以及分析的步骤，最后数据的可视化。 首先，有的公司给的新片的数据就是一个excel表格，列表示的是样品，行表示的是基因型，基因型用ATCG构成，当然有的基因型是用数字0或者1表示的。下面我拿到的一个数据是15个样品构成的基因型，有13个样品

大家好，我是邓飞。 GWAS分析时，3~5个性状是正常操作，要分析100个性状呢，手动修改参数，工作量是够了，但是程序员的修养体现在哪里了？？？ 如果还是按照每个性状一个文件夹，每个文件夹中一个脚本，不断地修改脚本，一点也不高端，所以，遇到这种情况，批量处理就派上用场了。 之所以之前一直不用，因为10个性状一下，没有必要，费心思想还不如直接动手操作了，但是100个性状真的吓到我了，不满足才能