读书笔记：《生物信息学与功能基因组学》第十五章 - 第二部分 摘要 本部分深入探讨了真菌基因组的生物信息学分析，包括基因组测序策略、基因识别与功能注释，以及基因组复制对真菌进化的影响。此外，还讨论了功能基因组学方法在真菌研究中的应用。 目录 真菌基因组测序策略基因识别与功能注释基因组复制与真菌进化功能基因组学在真菌研究中的应用 正文 真菌基因组测序策略 描述了全基因组“鸟枪”法测序过

组蛋白翻译后修饰是表观遗传调控的主要机制之一，已被证明在基因表达的调控中发挥重要作用，参与真菌发育、感染相关的形态发生、环境应激反应、次级代谢产物的生物合成和致病性。我们分享过不少真菌组蛋白修饰的文章，今天接着带来一篇利用ChIP-seq解析真菌脱落酸生物合成机制的文章。 2024年3月4日，中国科学院成都生物研究所谭红研究员课题组在期刊Frontiers in Microbiology

Clitocybaceae（杯伞科）是近期建立的真菌家族。目前，由于取样和用于系统发育分析的基因有限，该家族内的亚科分化和关系尚不清晰。该家族的一些蘑菇含有神经毒性毒蕈碱，导致全球范围内许多严重甚至致命的中毒事件。然而，该家族内毒素的分类分布和演化大部分仍然未知。 2023年11月27日，中国科学院昆明植物研究所杨祝良研究员团队在期刊Fungal Diversity（IF:20.3）发表题为

真菌是陆地和水生生态系统的重要组分，在有机质循环和跨营养级养分流通等过程中发挥着重要作用。随着测序技术的发展，高通量测序揭示了真菌群落巨大的系统发育和功能多样性，高质量真菌基因组的组装已经成为研究菌丝和潜在基因的进化起源的有力工具。那么，如何有效应用比较基因组分析分析来重建菌丝和潜在基因的进化起源尚不清楚。         一篇发表于《Nature communicatio