使用的数据来自于一篇发在NC的拟南芥的基因组文章，文章用了minimap/miniasm 进行组装，然后用racon和Pilon进行polish, 最后拼接处62 contigs 且N50 = 12.3 Mb。 wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ERR217/003/ERR2173373/ERR2173373.fastq.gzseqkit seqk

陆地植物的地上和地下寄生着各种各样的微生物，它们共同构成了植物微生物群。微生物群成员可以存在于植物表面或植物内部。植物微生物群的广泛保存表明，植物可能已经进化出选择和维持微生物群丰度、组成和功能的机制，以实现体内平衡。正确组合的微生物群(即益生菌群)可能对植物健康和生存至关重要。虽然微生物群的个体或群体成员已被证明可以改善营养吸收、生长和对非生物和生物胁迫的抗性，但植物的整个本土微生物群对植物功能

mutmap 定位基因也是基于BSA的方法，之前一篇博客 BSA分析拟南芥F2代分离群体混池测序 是做的突变体也野生型杂交后代中F2选择极端个体，加亲本进行测序分析的一篇流程。上篇中的数据也可以用mutmap 分析，仅仅才用野生型亲本测序的数据，和后代突变类型混池的数据即可。方法和上边的类似，也是计算每个SNP等位基因的频率。只不过这里另一个极端混池用亲本表示了，因为极端个体的标记和基因型都是趋于

1. 实验背景 为了研究拟南芥对高温响应的基因，我们对拟南芥的野生型Col进行了EMS诱变，通过对诱变后的种子多代的高温筛选，我们发现了一个对高温敏感的突变体，该突变体的下胚轴的长度在高温下要比野生型显著的短。之后，将此突变体和野生型Col进行杂交，F1表现长下胚轴，F1自交，F2出现了明显的性状分离，即表现长下胚轴和短下胚轴两种类型（长：短～3:1），遗传分析表明该突变是一个隐形突变，有单基因

1. 下载snpEff 软件，解压即可使用，使用前安装java。 brew cask install java。#macos 系统，其他系统请下载安装 2. 在tair 网站https://www.arabidopsis.org/download/index-auto.jsp?dir=%2Fdownload_files%2FSequences%2FTAIR10_blastsets，https: