位点专题

生物信息之多序列比对,进化树分析,保守位点分析

文章目录 一、序列下载与整理下载fasta格式序列合并多个fasta文件 二、多序列比对软件下载安装序列比对 三、进化树分析四、保守位点分析 一、序列下载与整理 下载fasta格式序列 0、输入网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene 1、输入你想查找的序列,比如Syp基因 可以点击图片来查看高清图 2、进入基因详细信息页面

生信技能46 - Call人类线粒体变异和提取chrM变异位点

使用bwa将样本fastq文件比对到线粒体参考基因组, 并使用bcftools进行call变异。 基础软件安装 conda install bcftools -yconda install samtools-yconda install bwa -y 一、Call人类线粒体变异 1. 构建线粒体参考基因组 参考基因组: 人类线粒体参考基因组NC_012920.1 # NCBI下载

mysql开启基于位点的主从复制

MySQL的主从复制涉及至少两个MySQL实例:一个主库(Master)和一个或多个从库(Slave)。主库负责处理事务并记录所有变更到二进制日志(binary log)中,而从库通过读取并应用这些变更来保持与主库的数据一致。 以下是一个高级步骤指南,用以开启主从复制: 主库配置 在主库上,编辑MySQL配置文件(通常是 my.cnf 或 my.ini),通常位于 /etc/mysql/、

对计算器中位点的Fst进行分析

科普:Fst,群体间分化指数,用于群体间分化分析。 取值范围:[0, 1] 划分标准: 0~0.05:群体间遗传分化很小,可以不考虑; 0.05~0.15,群体间存在中等程度的遗传分化; 0.15~0.25,群体间遗传分化较大; 0.25以上,群体间有很大的遗传分化。 在这里,我们以三种计算器:K3,K12b,K47分别代表k数小、中、大的计算器来进行研究 计算方法:https://blog.cs

易基因:NAR:RCMS编辑系统在特定细胞RNA位点的靶向m5C甲基化和去甲基化研究|项目文章

喜讯!易基因表观转录组学RNA-BS技术服务见刊《核酸研究》 大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 2024年2月15日,吉林大学张涛、赵飞宇、李金泽为共同第一作者,吉林大学李占军、隋婷婷及赖良学为共同通讯在《Nucleic Acids Research》(NAR/ IF14.9)发表题为“Programmable RNA 5-methylcytosine (m5C)

【题目】2016年全国研究生数学建模竞赛B题 具有遗传性疾病和性状的遗传位点分析

同学给我看了她参加竞赛的题目,我一看,这不巧了吗,我也就看看题目...... 人体的每条染色体携带一个DNA分子。在这条双螺旋的长链中,共有约30亿个碱基对,而基因则是DNA长链中有遗传效应的一些片段。在组成DNA的数量浩瀚的碱基对(或对应的脱氧核苷酸)中,有一些特定位置的单个核苷酸经常发生变异引起DNA的多态性,我们称之为位点。 在DNA长链中,位点个数约为碱基对个数的1/1000。

概率论之 证明 正态分布的上a 分位点的对称的性质

公式(Z(a) = -Z(1-a)) 表示正态分布的上(a)分位点与下(1-a)分位点在分布曲线上关于均值的对称性。 左侧 (Z(a)): 这是分布曲线上累积概率为(a)的那个点。也就是说,这是一个使得这个点及其左侧的面积占据整个曲线下方(a)的位置。 右侧 (Z(1-a)): 这是分布曲线上累积概率为(1-a)的点。它位于左侧 (Z(a)) 的对称位置,使得右侧的面积占据整个曲线下方(1-

html发布机制tacat,Cre_lox位点特异性重组系统在高等真核生物中的研究进展

HEREDITAS (Beijing) 2012年2月, 34(2): 177―189 ISSN 0253-9772 http://www.doczj.com/doc/86c1b8cda5e9856a571260ec.html 综 述 收稿日期: 2011?06?03; 修回日期: 2011?09?07 基金项目:重庆市自然科学基金计划重点项目(编号: 2011BA1005), 中央高校基本科

Postgresql源码(35)vacuum freeze起始位点逻辑分析

查询指令 https://blog.csdn.net/jackgo73/article/details/122700702 SELECT n.nspname as "Schema", c.relname as "Name", c.relfrozenxid,age(c.relfrozenxid) FROM pg_catalog.pg_class cLEFT JOIN pg_catalog.

Basset:CNN学习新的染色体开放位点

尝试着将神经网络的元件与生物学意义联系起来。大胆假设,小心求证! PMC | Genome Res. | GitHub 下载 从ENCODE Project Consortium下载125种细胞类型的数据。从Roadmap Epigenomics Consortium下载39种细胞类型的数据。数据形式为DNase-seq的peak信息,保存在BED格式的文件中。使用未去重叠(overlap)的

【转录因子结合位点预测-1】基于信念传播的kmerHMM模型(文献复现)

文章目录 一、简介二、文献来源三、文献工作流程梳理以及本文复现目标四、文献复现4.1 数据下载4.2 kmer的生成与过滤4.3 多序列比对4.4 序列编码与建模4.5 模型验证 五、复现效果评估与优化方向 一、简介 在转录组学数据挖掘中,转录因子结合位点预测算是比较重要的一个研究方向。在这个专栏中,我们将从2013年的一篇文献开始,逐渐了解在转录因子结合位点预测方向的一些工作