一、配置参数 UCSC基因组浏览器：传送门 1、点击配置 2、进入配置页面： 点击刚刚运行的文件 BedGraph Format 2、轨迹配置页面 Type of graph ：默认以bar，条形图来显示，选择point会以点或线来显示Track height ：设置图形高度，像素为单位Data view scaling (boxed in red) ： 如果选中 use

人类基因组大约有3,000,000,000个碱基对其中50%-69%是重复序列，包括转座子（SINES、LINES、Long Terminal Repeats ）以及低复杂区域（比如 homopolymers 和 CAG重复）和假基因（大片段重复引起）。Self Chain 就是UCSC中查看大片段重复的工具。   描述 self chain 是染色体之间相似性的比较，相比如segdup，它

UCSC基因组浏览器用法 UCSC基因组浏览器是一个强大的在线工具，主要用于查看和分析多种生物的基因组数据。这个浏览器最初是由加利福尼亚大学圣克鲁兹分校的生物信息学家和计算生物学家开发的，旨在为科研人员提供一个易于访问和使用的界面，用于探索和研究基因组数据。 主要特点包括： 多物种支持：UCSC基因组浏览器包含了多种物种的基因组数据，包括人类、小鼠、斑马鱼等，用户可以选择不同的物种进行查看。