文章目录 Tombo快速使用介绍模型介绍RNA修饰分析步骤特异性替代碱基检测（推荐）De novo canonical model comparison ONT全长转录组分析步骤疑难解答Minimap2在比对nanopore直接RNA-seq数据时的最佳实践和参数设置有哪些？featureCounts在进行RNA-seq定量分析时，如何选择最合适的参考基因组注释文件？Tombo序列重校正过程

0. 引言 Tombo是nanopore开发的从三代测序数据中检测DNA modification (DNAmod: Home) 的工具。其他工具还有nanoraw，nanomod，deepmod，signalalign等。由于tombo的安装对依赖包版本的要求比较严格，所以写下本人终于成功的辛酸泪水，供大家避坑。 参考文献：DNA methylation-calling tools

目录 一、前言  二、Tombo快速使用 1.安装 2.快速使用  3.比对结果解析 4.高阶应用 三、总结 一、前言 对于纳米孔测序常规用途，如基因组比对、SNV鉴别、宏基因组物种分析而言，用户一般使用碱基识别软件输出的fastq文件即可展开相应分析。但对于某些特殊用途，如甲基化鉴别、碱基识别算法开发，则需要深入分析纳米孔测序产生的fast5文件中原始电信号与碱基(