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Bio-Info每日一题：Rosalind-05-Computing GC Content
🎉 进入生物信息学的世界，与Rosalind一起探索吧！🧬 Rosalind是一个在线平台，专为学习和实践生物信息学而设计。该平台提供了一系列循序渐进的编程挑战，帮助用户从基础到高级掌握生物信息学知识。无论你是初学者还是专业人士，Rosalind都能为你提供适合的学习资源和实践机会。 网址：https://rosalind.info 你是否想像专业人士一样分析DNA序列？这里有一个简单的任务来
Bio-Info 每日一题：Rosalind-04-Rabbits and Recurrence Relations
🎉 进入生物信息学的世界，与Rosalind一起探索吧！🧬 Rosalind是一个在线平台，专为学习和实践生物信息学而设计。该平台提供了一系列循序渐进的编程挑战，帮助用户从基础到高级掌握生物信息学知识。无论你是初学者还是专业人士，Rosalind都能为你提供适合的学习资源和实践机会。网址：https://rosalind.info 你是否想像专业人士一样分析DNA序列？这里有一个简单的任务来帮
Rosalind Java|Speeding Up Motif Finding
Rosalind编程问题之计算错误矩阵（failure array）输出前后缀检索匹配。 Speeding Up Motif Finding Problem： A prefix of a length n string s is a substring s[1:j]; a suffix of s is a substring s[k:n]. The failure array of s is
Rosalind 043 Comparing Spectra with the Spectral Convolution
这个问题是关于如何比较两个蛋白质的质谱图的相似性。在生物信息学和质谱分析中，这个问题非常重要，尤其是在蛋白质组学领域。 背景 质谱图与蛋白质：在蛋白质组学中，质谱仪用于分析蛋白质。将蛋白质分解成多个肽段后，会产生一个质谱图，这是质荷比(m/z)和强度的图表。质谱图中的每一个峰代表蛋白质的一个片段，其位置对应该片段的质量。 简化的谱图：这个问题将质谱图简化为实数的多重集，每个数代表一个肽段的
Rosalind 042 Inferring Protein from Spectrum
这个问题涉及生物信息学中的一项特定任务：根据给定的前缀质谱（prefix spectrum）来推断蛋白质序列。 背景 蛋白质和氨基酸：蛋白质是由氨基酸残基构成的长链分子，每种氨基酸具有特定的质量。前缀质谱：这是指蛋白质序列从起始到某个点的所有片段的质量。例如，蛋白质“ACD”的前缀质谱包括氨基酸“A”的质量，氨基酸“AC”的质量，以及整个序列“ACD”的质量。单体同位素质量表：这是一个表，列出
Rosalind 041 Introduction to Set Operations
背景： 这个问题是关于集合论的基础练习，集合论是数学的一个基本领域，涉及到集合的研究，集合是对象的集合。 并集 (A∪B)：这个操作结合了集合 A 和 B 中的所有元素，并去除了重复的元素。它的结果是一个新的集合，包含了在 A、B 中或同时在 A 和 B 中的每个元素。 交集 (A∩B)：这个操作找出集合 A 和 B 之间的共同元素。结果集合包含了同时在 A 和 B 中的所有元素。
Rosalind 040 Distances in Trees
这个问题涉及到图论中的树结构以及如何使用Newick格式来表示树。下面是关键概念的解释和解决问题的方法： 图论中的树理解 树中的唯一路径：在树这种图结构中，任意两个节点之间总是存在一条唯一的路径。这种唯一性是因为树是一个连通的、无循环的图。如果两个节点之间存在多条路径，就会形成一个循环，这在树中是不允许的。 在系统发育学中的应用：在系统发育学中，树用来表示物种或群体之间的进化关系。两个分类
Rosalind 035 Creating a Distance Matrix
题目背景： 这个问题涉及到计算一组DNA字符串的p距离矩阵。p距离是衡量序列间进化距离的一种方法。以下是问题和过程的详细说明： 理解P距离：两个DNA字符串之间的p距离是指在相应位置上两个字符串不同的核苷酸比例。数学上来说，如果你有两个长度相同的字符串s1和s2，那么p距离dp(s1, s2)就是不同位置的数量除以字符串的总长度。 距离矩阵：距离矩阵D是一个方阵，其中每个元素Di,j代表数
Rosalind 034 Ordering Strings of Varying Length Lexicographically
题目背景： 这个题目要求生成并排序一个由给定字母表构成的字符串集合。首先，你会得到一个由最多12个符号组成的排列，这个排列定义了一个有序的字母表A。接着，给定一个正整数n（n不大于4），任务是生成所有可能的、长度最多为n的字符串，这些字符串由字母表A中的符号构成，并且需要按字典顺序排列。 例如，如果字母表是D、N、A，且n=2，那么你需要生成所有由这三个字母构成、长度不超过2的字符串，并将它们
Rosalind 033 Finding a Shared Spliced Motif
题目背景： 上述问题的解决方法是使用动态规划来找出两个DNA字符串的最长公共子序列（LCS）。 https://rosalind.info/problems/lcsq/ 很经典的动态规划问题了。直接给出解题步骤： 1. 初始化矩阵：创建一个大小为 (len(s) + 1) x (len(t) + 1) 的矩阵。将第一行和第一列的元素初始化为零。这些代表了一个字符串与空字符串的LCS，其长度
生物信息学算法之Python实现|Rosalind刷题笔记：006 计算点突变数
汉明距离的定义：对于两条长度相等的字符串来说，汉明距离指的是它们之间不相同的字符数。对于两条 DNA，则是它们之间的点突变数目。 给定：两条长度相等的 DNA 序列（不超过 1kb）。 需得：计算汉明距离。 示例数据 GAGCCTACTAACGGGATCATCGTAATGACGGCCT 示例结果 7 Python 实现 Counting_Point_Mutations.py import